سقراط در سال 406 ق.م. با عدم موافقت با این درخواست که هشت فرمانده به اتهام اهمال و بی مبالاتی در آرگینوسا به دادگاه جلب و با هم محاکمه شوند، و این برخلاف قانون بود و پیش بینی می شد که حکم عجولانه ای صادر شود، شجاعت اخلاقی خود را نشان داد. وی در این هنگام عضو هیئت مشاوره مجلس شیوخ (پریتانئیس) یا کمیته سنا بود. شجاعت اخلاقی او باز وقتی ثابت شد که در 404 /403 درخواست شورای سی تن را برای شرکت در دستگیری لئون اهل سالامین، که اعضای الیگارشی قصد کشتن و مصادره اموال او را داشتند، رد کرد. آنان می خواستند تا آنجا که ممکن است پای بسیاری از شهروندان برجسته را در اعمال خود به میان بکشند، بدون شک با توجه به حسابرسی روز سرانجام. اما سقراط این را که شرکتی در جرائم آنان داشته باشد رد کرد، و اگر حکومت «سی تن» سقوط نکرده بود احتمالا حیات خود را در برابر این امتناع می پرداخت.

در سال 400/399 سقراط توسط رهبران دموکراسی که استقرار مجدد یافته بود به محاکمه کشانده شد. آنوتوس، سیاستمداری که در نهانگاه باقی ماند، ملتوس را برانگیخت تا اقامه دعوی کند. متن کیفر خواست در محضر دادگاه کینگ آرخون به این شرح خوانده شد. «ملتوس، اهل بخش پیتثوس، علیه سقراط، پسر فرونیسکوس، اهل بخش آلوپکا، با سوگند خود به مفاد ذیل اعلام جرم می کند. سقراط متهم است که خدایانی را که مدینه پرستش می کند نمی پرستد، بلکه اعمال دینی جدید و ناآشنایی آورده است؛ و به علاوه، جوانان را فاسد می سازد. کیفر خواه تقاضای مجازات مرگ دارد.»

نخستین اتهام هرگز صریحا تعریف نشده بود، و دلیل آن ظاهرا این بود که کیفر خواه بر خاطره هیئت داوران از شهرت جهانشناسان قدیم ایونی و شاید از کفر گویی درباره شعائر دینی در سال 415، که الکیبیادس گرفتار آن شد، تکیه کرده بود. لیکن هیچ استنادی به آن کفر گویی، با توجه به عفو عمومی 404/ 403، که خود آنوتوس بانی اصلی آن بود، نمی توانست به عمل آید. اتهام دوم، یعنی فاسد کردن جوانان، واقعا اتهام دمیدن روح انتقاد به جوانان نسبت به دموکراسی آتنی است. در پشت این اتهام بی شک این فکر بود که سقراط مسئوول تعلیم و تربیت الکیبیادس و کریتیاس است - الکیبیاد، یعنی کسی که یک بار به اسپارت پیوست و آتن را به چنان تنگناها کشانید، و کریتیاس، یعنی کسی که سرسخت ترین مخالف اعضای الیگارشی بود. این نیز به دلیل بخشش عمومی 404 /403 نمی توانست صریحا ذکر شود، لیکن شنوندگان به آسانی این قدر درمی یافتند که منظور چه بود. به این دلیل است که اسخینس پنجاه سال بعد توانست بگوید: «شما سقراط دانشمند را کشتید، زیرا نشان داده شده بود که او کریتیاس را تربیت کرده است.»

متهم کنندگان بی شک تصور می کردند که سقراط بدون آنکه منتظر محاکمه شود جلای وطن خواهد کرد، اما او چنین نکرد. وی برای محاکمه، در سال 399، ماند و در دادگاه از خود دفاع کرد. سقراط در محاکمه می توانست از خدمت نظامی خود و مخالفتش با کریتیاس در زمان الیگارشی چیزها بگوید، لیکن صرفا وقایع را گزارش کرد و آنها را با مخالفتش با دموکراسی در موضوع محاکمه فرماندهان مربوط ساخت. وی با اکثریت 60 یا 6 رای توسط هیئت داوران 500 یا 501 نفری به مرگ محکوم شد. آنگاه با سقراط بود که شقی از مجازات را پیشنهاد کند، و آشکارا عاقلانه ترین روش پیشنهاد کردن مجازاتی بود که به اندازه کافی مهم و قابل توجه باشد. بدین ترتیب اگر سقراط تبعید را پیشنهاد می کرد، این شق در برابر مجازات مرگ بدون تردید پذیرفته می شد. اما سقراط به عنوان «پاداش» شایسته خود خوراک رایگان در «پروطانه» را پیشنهاد کرد، و پس از آن راضی شد که جریمه کوچکی را پیشنهاد کند - و آن هم بدون کوششی برای تحت تاثیر قراردادن هیئت داوران، چنانکه معمول بود، به وسیله آوردن زن و بچه های گریان به دادگاه. هیئت داوران از رفتار غرورآمیز سقراط آزرده خاطر شدند، و وی با اکثریتی بزرگتر از اکثریتی که او را مقصر شناخته بود به مرگ محکوم شد.

اجرای اعدام به مدت یک ماه، به انتظار بازگشت «کشتی مقدس» از «دلوس»، به تاخیر افتاد (به یادگار نجات مدینه توسط «تزئوس» از پیشکشی هفت پسر و دختر که مینوس اهل کنوسوس تحمیل کرده بود)، و فرصت زیادی برای ترتیب دادن فرار موجود بود،که در واقع دوستان سقراط ترتیب دادند. سقراط استفاده از این پیشنهادهای مشفقانه را، بر این اساس که چنین اقدامی مخالف اصول اوست، رد کرد. افلاطون آخرین روز حیات سقراط را بر زمین در فیدون نقل کرده است، یعنی همان روزی که سقراط در بحث و گفتگو درباره بقای نفس با دوستان خود، «کبس» (قیبس) و «سیمیاس»، گذرانید. وی پس از آنکه شوکران نوشید و به حال مردن دراز کشید، آخرین کلماتش این بود: «ای کریتون (اقریطون)، خروسی به اسکولاپیوس (سقلابیوس) مدیونیم؛ پس ادای این دین را فراموش مکن.» وقتی زهر به قلب او رسید حرکت تشنج آمیزی کرد و درگذشت، «و کریتون، که این را دید، دهان و چشمهای او را بست. ای خقراطیس! این بود پایان کار دوست ما، آن مردی که می توانیم بگوییم بهترین مردم زمانه خود بود که می شناختیم، و هم خردمندترین و عادل ترین.»

منبع:دایره المعارف طهور