در حاليکه گزارشهاي رصد گذر زهره از سراسر دنيا منتشر مي شود، مسئله مطرح در گروه هاي رصدي، قطره سياه است: چرا بعضي از مردم آن را ديده اند در صورتيکه بقيه نديده اند؟ اين پديده واقعا اتفاق افتاده است؟ اثر قطره سياه وقتي ديده مي شود که گاهي در محل اتصال زهره به لبه خورشيد تکه سياهي ظاهر مي شود که به زهره شکل قطره اشک مي دهد. اين پديده بيشتر در قرن 18 و 19 مشاهده و بررسي شده است. هنوز خيلي از رصدگران گزارشي از مشاهده قطره سياه نداده اند. و کساني که آن را ديده اند، آن را به وضوح قطره سياهي که در گذشته ديده شده نيافته اند و از اعلام آن به عنوان قطره سياه خودداري کرده اند. نظرهاي مختلفي براي دليل اين اختلاف وجود دارد. يک نظريه برجسته وجود تلسکوپهاي قويتر را ذکر مي کند. حتي شرايط جوي مناسب هم به عنوان يک دليل پيشنهاد شده است. Lorenzo Comolli ، گذر را از اطراف شهر ميلان مشاهده کرده و رصد قطره سياه را در لحظه خروج زهره از سطح خورشيد گزارش کرده نه در لحظه ورود آن. در رابطه با لحظه ورود او مي گويد: " چون رصد با کيفيت خوب انجام شد، من قطره سياه را نديدم. محل ورود قرص صاف بود. در لحظه خروج با شرايط بدتر رصدي ، قطره سياه وجود داشت. بخصوص در بدترين لحظه رصد." Govert Schilling ، همکار مجله Sky & Telescope ، کسي که گذر را از نيوزلند مشاهده کرده مي گويد: " وقتي به ورود زهره به سطح خورشيد با دوربين دوچشمي نگاه کردم، گمان کردم چيزي را مي بينم که شما به آن قطره سياه مي گوييد، ولي با رصد با ابزارهاي دقيق تر چيزي مثل قطره سياه مشاهده نشد." بعضي تصاوير گذر، نقطه برخورد را بدون کوچکترين اثري از قطره سياه نشان مي دهند (مانند تصوير زير) . بعضي تصاوير ديگر، تيرگي و ناصافي محل اتصال را در بين زهره و خورشيد در لحظه ورود يا خروج نشان مي دهند که کاملا هم حالت قرص مانند سياره را از بين نمي برد.تعداد کمي آنچه در قرن گذشته قطره سياه ناميده شده را نشان مي دهند. سه تصوير ترکيب شده اند تا لحظه برخورد سوم را نشان دهند. اين تصوير توسط عدسي 16 اينچ f/16 در ايتاليا گرفته شده است. " بخشي از اين مسئله مي تواند به دقت بستگي داشته باشد. " Jay Pasachoff (کالج ويليام ) مي گويد. او مي گويد مطالعات او و Glenn Schneider (دانشگاه آريزونا) از تصاوير فضايي سالهاي 1999 و 2003 گذر عطارد نشان مي دهد که ابزار اپتيکي و قدرت تفکيک پذيري عوامل موثري در اثر قطره سياه هستند. " بنابراين عجيب نيست که تلسکوپهاي بزرگ که قابليت تفکيک نقاط بالاتري دارند، اثر قطره سياه را نشان نمي دهند." او تصاويري را از ماهواره TRACE بررسي خواهد کرد تا ديد بهتري از اين پديده داشته باشد. بنابراين اثر قطره سياه در قرن 21 هم مانند قرن 19 به صورت معما باقي مانده است. اين بحث احتمالا با گزارشهاي رصدهاي بيشتر در رابطه با اينکه چه چيزي يک قطره سياه حقيقي را تشکيل مي دهد ادامه پيدا مي کند. و آن باقي مي ماند تا اينکه شرايط پيدايش قطره سياه ، با بررسي و مقايسه گزارشهايي که در هفته ها و ماه هاي جاري بدست مي آيد و يا حتي در زمان گذر بعدي زهره يعني در 6 ژوئن 2012، مشخص شود. سري تصاوير عکس برداري شده در سنگاپور که به طور مشخص اثر قطره سياه را نشان مي دهند. ولي در تصاوير با کيفيت بالاتر هيچ يک از اين موارد ديده نمي شود.
