مقصود از اعلم در بحث «ولايت‏فقيه»، اعلم در مرجعيت نيست. حضرت على(ع) مى‏فرمايد: «ايها الناس ان احقّ الناس بهذالامر أقواهم عليه و أعلمهم بأمراللَّه فيه»؛ «اى مردم! بدانيد كه سزاوارترين مردم به اين امر (حكومت و ولايت) كسى است كه در اين كار قوى‏تر و به امر خداوند در حوزه رهبرى جامعه آگاه‏تر باشد». بنابراين مقصود از اعلم تنها اعلم فقهى نيست؛ بلكه «اعلم فى هذالامر» است؛ يعنى، كسى كه علاوه بر داشتن فقاهت، عدالت و تقوا، مدير و مدبرتر باشد و به اوضاع كشور و جهان آگاهى كامل داشته باشد تا با ارائه دقيق شرايط به احكام الهى، بهتر بتواند احكام متناسب باشرايط موجود را كشف كند. دشمنان اسلام و ترفندهاى آنان را بشناسد و در وقت مناسب، بتواند تصميم‏گيرى و به نحو شايسته اقدام كند. بنابراين مرجعى كه در مسائل فقهى اعلم از ولى‏فقيه باشد، در مسائل حكومتى همتاى ديگر فقيهان است؛ چون «فقاهت» تنها يكى از شرايط رهبرى جامعه اسلامى است؛ نه تمام آن.براى آگاهى بيشتر ر.ك: جوادى آملى، ولايت فقيه، صص 392-399. از همين رو حتى مرجعى كه در مسائل فقهى اعلم از ولى فقيه باشد، لازم در مسائل حكومتى تابع ولى فقيه باشد.