کنيه آن حضرت را ابوالحسن و نيز ابوالحسن ثانی خوانده اند . ابو الفرج اصفهانی در مقاتل الطالبين روايتی نقل کرده و مبنی بر آن که کنيه آن حضرت ، ابو بکر بوده است . وی به سند خود از عيسی بن مهران از ابوصلت هروی نقل کرده است که گفت : روزی مأمون از من پرسشی کرد . گفتم : ابو بکر در اين باره چنين و چنان گفته است . مأمون پرسيد : کدام ابو بکر ؟ ابو بکر ما يا ابو بکر اهل سنت ؟ گفتم ابوبکر ما . پس عيسی از ابوصلب پرسيد : ابو بکر شما کيست ؟ پاسخ داد : علی بن موسی الرضاست که بدين کنيه خوانده می شود .
