سید احمد خمینی (۱۳۲۴ — ۲۵ اسفند۱۳۷۳)، دومین فرزند پسر سید روحالله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران است.
سید احمد خمینی در اسفند ۱۳۲۴ شمسی در شهر قم متولد شد و در ۲۵ اسفند۱۳۷۳ خورشیدی در تهران درگذشت و در آرامگاه روحالله خمینی در بهشت زهرا به خاک سپرده شد.
احمد خمینی در سالهای پس از انقلاب در سازماندهی روابط روحالله خمینی با مسئولان نقش مهمی داشت.از میان این نقشها، نقش وی در برکناری آیتالله منتظری از قائم مقامی رهبری و نگارش نامه سرگشادهای که با عنوان «رنجنامه» منتشر شد، بسیار پررنگ بودهاست.
حاج احمد از خود سه فرزند به نامهای سید حسن خمینی، سید یاسر خمینی و سید علی خمینی به جا گذاشت. پسر بزرگ وی سید حسن خمینی است که اکنون تولیت آرامگاه روحالله خمینی را بر عهده دارد. همسر او نیز آثار خمینی را جمعآوری نمودهاست.
مرگ مشکوک
بعد از مرگ ناگهانی احمد خمینی در ۲۵ اسفند۱۳۷۳ که بر اساس اعلام منابع دولتی، بر اثر سکته قلبی اعلام شد، شایعاتی در مورد طبیعی نبودن مرگ وی وجود داشت، تا این که بعد از ماجرای قتلهای زنجیرهای پاییز ۱۳۷۷ و بحثهایی که در این زمینه در مطبوعات ایران از سوی دوم خردادیها و رقبایشان جریان داشت، عماد الدین باقی از چهرههای مطبوعاتی، مدعی شد که سید حسن خمینی پسر احمد خمینی به وی گفتهاست که حجتالاسلام نیازی رئیس دادگاه نیروهای مسلح که پرونده رسیدگی به این ماجرا به وی سپرده شده بود، در دیداری با او (سیدحسن خمینی) گفتهاست که مجرمان قتلهای زنجیرهای گفتهاند که احمد خمینی توسط محفل قتلهای زنجیرهای کشته شدهاست. این حرفها را عمادالدین باقی در یک جلسه گفتگو و مناظره در جمع دانشجویان در اصفهان که قرار بود فلاحیان هم در آن شرکت کند اظهار داشته بود. این گفته او از سوی نیازی تکذیب شد و او به اتهام نشر اکاذیب تحت تعقیب قرار گرفت. عماد الدین باقی از سید حسن خمینی خواستار شد که در زمینهٔ درستی یا نادرستی گفتههای او اظهار نظر کند. که سید حسن خمینی در نامهای، درستی اظهارات عمادالدین باقی را تایید کرد.
در پی اعتراض و اختلال در سخنرانی سید حسن خمینی در سالگرد سید روحالله خمینی، مهدی کروبی در روز ۱۷ خرداد ۱۳۸۹ در اعتراض به این واقعه اخطار به روشنگری در مورد ستمها و فشارهایی که بر پدر او سید احمد خمینی رفته بود، کرد.
