حسن باقری شد مسوول اطلاعات سپاه و جزو تیم سهنفره طراحی عملیاتهای سپاه. دو نفر دیگر غلامعلی رشید و رحیم صفوی بودند. باقری در طراحی عملیاتهای زیادی نقش داشت.
اوایل جنگ، رزمندگانی که در دشتهای خوزستان میجنگیدند جوان کمسن و سالی را میدیدند که دشداشه عربی پوشیده و دایم وسط معرکه اینطرف و آنطرف میرود و چیزهایی را یادداشت میکند، اما تفنگ ندارد. آن روزها برای خیلیها معلوم نبود که او چه میکند. اما مدتی بعد که حسن اولین نقشههای منطقهی عملیاتی را به شکلی ساده اما دقیق آماده کرد، همه فهمیدند که با یک مغز اطلاعاتی طرفاند.
همشهری پایداری در شماره مهرماه خود نوشته است: حسن باقری، بچه میدان خراسان تهران، اصلاً نیروی نظامی نبود؛ خبرنگار بود. وقتی عراق به ایران حمله کرد حسن رفت خوزستان که عکس بگیرد و گزارش تهیه کند. چند تا گزارش هم تهیه کرد. اما در آن اوضاع و احوال، دفاع را از خبرنگاری لازمتر دید. این شد که خبرنگاری را رها کرد و شد رزمنده. طولی نکشید که حسن جای خودش را در اتاق عملیات پیدا کرد و توان اطلاعاتی و هوش و نبوغش در طرح عملیات را به همه فرماندهان عالی جنگ و اعضای شورای عالی دفاع و حتی رییسجمهور اثبات کرد. حسن باقری شد مسوول اطلاعات سپاه و جزو تیم سهنفره طراحی عملیاتهای سپاه. دو نفر دیگر غلامعلی رشید و رحیم صفوی بودند. باقری در طراحی عملیاتهای زیادی نقش داشت. از جمله عملیات امام مهدیعج، ثامنالائمهع، طریقالقدس، فتحالمبین و . . . اما اوج نبوغ حسن باقری در طراحی عملیات بیتالمقدس بود. موقع طراحی این عملیات میگفت برای رعایت اصل غافلگیری باید نیروها را از رودخانه کارون رد کرد تا آن طرف کارون به عراقیها حمله کنند. اما تیم طراحی ارتش استدلال میکرد که عبور نیروها از رودخانه، خودش یک عملیات سخت است و این که بخواهند در یک شب هم از رودخانه بگذرند و هم به دشمن حمله کنند، دو عملیات همزمان و سنگین است که شدنی نیست. از حسن اصرار بود و از آنها و حتی از خیلی از پاسدارها انکار. حسن روی چیزی اصرار میکرد که خطرش زیاد بود. او میگفت بسیجیها میتوانند هم از رودخانه رد شوند و هم به جاده آسفالته اهواز-خرمشهر برسند که 17 تا 23 کیلومتر آنطرف کارون بود. بالاخره هم حرفش را به کرسی نشاند.
اواسط فروردین سال 61، کار سخت و طاقتفرسای اطلاعات و شناسایی عملیات بیتالمقدس آغاز شد. قرار بود این عملیات روز بیستم اردیبهشت آغاز شود اما یک عکس هوایی که هشتم اردیبهشت به دست حسن رسید، او را متقاعد کرد که عراقیها از ماجرای حمله ایران بوهایی بردهاند و آرایش دفاعی گرفتهاند. عملیات باید هرچه زودتر شروع میشد. در ساعتهای آغازین روز دهم اردیبهشت عملیات بیتالمقدس شروع شد. همان شب، بسیجیها هم از کارون گذشتند و هم به جاده اهواز-خرمشهر رسیدند. ارتش عراق پنج روز تمام پاتک کرد تا نیروهای ایران عقب بنشینند اما نتوانست. روز پنجم عملیات بیتالمقدس یک معجزه رخ داد. سلاح و مهمات و آذوقه بسیجیها تمام شده بود و چون فاصله بین کارون تا جاده هنوز ناامن بود و زیر آتش دائم دشمن، تدارکات به سختی انجام میشد. تانکهای دشمن هم که مانع و آتشی جلوی خود نمیدیدند به سمت جاده پیشروی کردند. بسیجیها نه گلوله سنگین داشتند و نه موشک آرپیجی. فقط تیر کلاش مانده بود و ژ-3؛ مثل پشهای که بخواهد با فیل بجنگد. تازه اذان صبح را گفته بودند که اولین تانک عراقی از شیب کنار جاده اهواز-خرمشهر آمد بالا و سرازیر شد اینطرف. اما چون شیب جاده تند بود، لولهاش در خاک فرو رفت و ماند. بقیه تانکها داشتند جلو میآمدند. اینطوری با تانک بچهها را له میکردند و میرفتند و نیازی به جنگ نبود. همین موقع حسن باقری از قرارگاه عملیات، با بیسیمچیهای سرتاسر خط تماس گرفت و گفت «همه با هم بلند شوید، بایستید و اللهاکبر بگویید. » همه رزمندههای خط تکبیر گفتند و بلند شدند. افسران عراقی خیال کردند این حیله ایرانیها بوده که تا آن موقع کاری نکنند تا تانکها کاملاً بهشان نزدیک شوند. ترسیدند و دستور فرار دادند. حتی خیلی از تانکها را جا گذاشتند و در رفتند.
قُلْ سِیرُوا فِی الْأَرْضِ فَانظُرُوا کَیْفَ بَدَأَ الْخَلْقَ ثُمَّ اللَّهُ یُنشِئُ النَّشْأَةَ الْآخِرَةَ إِنَّ اللَّهَ عَلَى کُلِّ شَیْءٍ قَدِیرٌ (بگو در زمین بگردید و بنگرید خداوند چگونه آفرینش را آغاز کرده است، سپس خداوند به همین گونه، جهان را ایجاد می کند خداوند یقیناً بر هر چیز تواناست) /عنکبوت20