علاوه بر اين، سوخت هيدروژني قابل بازيافت و استفاده مجدد است و ميتواند به عنوان منبع پايانناپذيري از انرژي مورد استفاده قرار گيرد. يكي از مهمترين معايب استفاده از هيدروژن به عنوان سوخت، پيچيدگيهاي بسياري است كه در تهيه هيدروژن خالص وجود دارد. به علاوه انجام اين فرآيند مستلزم صرف هزينه بسيار زيادي است. براي جايگزيني هيدروژن به جاي سوختهاي فسيلي بايد تغييرات گستردهاي در سيستم موتور خودروهاي بنزيني ايجاد شود. سرعت متوسط جديدترين خودروهاي هيدروژني كه تحت عنوان خودروهاي پاك از آنها ياد ميشود، حدود
160 كيلومتر در ساعت است.
براساس اينكه در اين اتومبيلها از هيدروژن مايع يا هيدروژن تحت فشار به عنوان سوخت استفاده شود، بيشينه سرعت حركت آنها در محدودهاي بين 270 تا 400كيلومتر در ساعت قرار ميگيرد. در پيلهاي سوختي هيدروژني، انرژي آزادشده در نتيجه واكنش شيميايي ميان مولكولهاي هيدروژن و اكسيژن براي توليد انرژي الكتريكي استفاده ميشود.
موتور اتومبيل، انرژي الكتريكي را به انرژي مكانيكي تبديل ميكند.انرژي يك پيل خورشيدي حدود 7/0 ولت است. اين مقدار انرژي به قدري ناچيز است كه حتي نميتواند انرژي لازم براي روشنشدن يك لامپ را تامين كند.به همين علت از دهها يا صدها پيل سوختي استفاده ميشود تا بتوان مقدار انرژي خروجي از سيستم را افزايش داد. در يك پيل سوختي هيدروژني، مولكولهاي هيدروژن در آند ( قطب مثبت ) و مولكولهاي اكسيژن در كاتد (قطب منفي) تجمع پيدا ميكنند. مادهاي كه تحت عنوان كاتاليزور از آن استفاده ميشود، الكترونهاي هيدروژن را از هسته آن جدا ميكند. پس از آن هسته مولكول هيدروژن بدون الكترونها از لايهاي كه حاوي سلولهاي الكتروليت است، عبور ميكنند.
اما الكترونهايي كه نميتوانند از ميان سلولهاي الكتروليت عبور كنند در يك مدار جريان پيدا ميكنند تا اينكه به كاتد برسند و انرژي الكتريكي توليد كنند. محصول اين واكنش آب و گرماست و تا زماني كه نياز به مصرف سوخت باشد اين واكنش ادامه دارد.
