فایل های فیزیکی که رجیستری را آرایش می دهند به طور مجزا و وابسته به هم در نسخه ویندوز شما ذخیره شده اند .در ویندوز ۹۸و۹۵ رجیستری در داخل دو فایل مخفی واقع در دایرکتوری ویندوز به نام هایuser,Dat و Dat.classes نیز ذخیره شده است.در صورتی که در ویندوز xp,2000,nt, فایل ها به صورت جداگانه در داخل دایرکتوری systemroof%system32 config قرار دارد.
شما نمی توانید به طور مستقیم به این فایلها دسترسی پیدا کنید .بلکه باید از یک ابزار شناخته شده به نام registry editor برای ویرایش و ایجاد تغییرات در رجیستری استفاده کنید (استفاده از registry editor در ادامه توضیح داده خواهد شد.)
