سلولهای بنیادین را براساس نوع منشا آنها به سه گروه تقسیم میکنند:
1. بن یاختههای جنینی؛embryonic stem cells (ES) : جنین انسان در طول 3-5 روزگی به شکل یک توپ سلولی تک لایهی میان تهی است به نام بلاستوسیت. در گوشهای از حفرهی بلاستولایی تودهای سلولی وجود دارد که متشکل از بن یاختههای جنینی است که در طول تکوین جنین تقسیم شده و انواع مختلف بافتها از تمایز آن حاصل میشود.
2.بن یاختههای بزرگسالی؛ adult stem cells : به صورت پراکنده در بافتهای بالغ مانند مغز استخوان، مغز، عضلهی قلب و عضله وجود دارند و مسئول ترمیم و جایگزینی سلولهای آسیب دیده میباشند.
3. بن یاختههای بند ناف؛stem cell umbilical cord : دستهی سوم بن یاختهها در بند ناف واقع اند که در صورت حفظ و نگهداری آن، منبع بسیاری خوبی برای تامین سلولهای بنیادین جهت اهداف درمانی است.