سید در کلام دیگران
علامه حلی این عالم گرانمایه درباره سیدمرتضی میگوید: "علم الهدی در علوم بسیاری یگانه بود. دانشمندان ما به وفور فضل و دانش او اتفاق نظر دارند. در دانشهایی مانند علم کلام و فقه و ادب، از قبیل شعر و لغت و جز اینها بر همگان مقدم بود... شیعه از زمان وی تا عصر ما که در سال 693 قمری است، از کتابهای او استفاده کردهاند. او رکن طائفه شیعه و معلم آنهاست."
علامه بحرالعلوم نیز میفرماید: "علی بن حسین ابوالقاسم مرتضی علم الهدی، ذوالمجدین و صاحب الفخرین و الریاستین، مروج دین جدش، سرور ثقلین در قرن چهارم، به روش پیشوایان برگزیده، او سرور علمای اسلام و پس از ائمه اطهار از همه کس برتر است. او دانشهایی گرد آورد که نصیب هیچ کس نشد و از فضایلی برخوردار گردید که او را از همه کس ممتاز گردانید. دانشمندان مخالف و موافق درباره فزونی فضلش اتفاق نظر دارند و به تقدمش بر تمامی دانشمندان پیشین و پسین معترف میباشند."
ابو العلاء معری در ضمن شعر عربی، در پاسخ افرادی که از سید مرتضی پرسیدند، گفته است: "ای کسی که آمدهای تا درباره سید مرتضی از من بپرسی، بدان که او از هر نقص و عیبی پیراسته است. اگر او را ببینی، خواهی فهمید که وجود همه مردم در مردی جمع، و روزگار در یک ساعت متمرکز گشته و جهان در یک خانه قرار گرفته است."
او علاوه بر مقام علمی و اجتهاد دارای ذوق شعر و ادب بود و در زمان ایشان، غیر از برادرش سید رضی شاعری همانندش نبود.
فعالیتهای اجتماعی
بعد از سیدرضی برادر بزرگوارش امارت حج و نظارت بر دیوان مظالم به عهده سید مرتضی افتاد. از زمان خلفای بنی امیه تا زمان معتضد عباسی، فرزندان علی بن ابیطالب همیشه تحت تعقیب و مراقبت خلفا و ماموران بودند و معمولا در جنگ و گریزها به شهادت میرسیدند. هنگامی که حکومت و خلافت در سال 279 ق . به معتضد عباسی واگذار شد موضوع احترام به علویان و تعیین سرپرست مطرح شد و در هر شهری یکی از بزرگان سادات یا علمای علوی نقابت یعنی سرپرستی سادات آن شهر یا منطقه را به عهده گرفت .
سید مرتضی علاوه بر نظارت بر نسب و دفاع از حقوق و حفظ شرافت آنان موظف بود در میان آنان قضاوت کند، سرپرستی اموال و دارایی یتیمان را بر عهده گیرد، احکام الهی را در صورت ارتکاب گناه درباره آنان جاری کند، دختران و زنان بی سرپرست را شوهر دهد و از بی سرپرستان مراقبت کند.
امارت حج هم مسئولیت بزرگی بود که ریاست و رهبری زائران خانه خدا را به عهده داشت و معمولا شخص خلیفه آن را به عهده داشت . ولی گاهی خلیفه این مسئولیت بسیار مهم را به شخصی که شایستگی داشت واگذار میکرد.
نظارت بر دیوان که در آن به اعمال ظالمانه حکام و امرا و رجال بزرگ دولت زیر نظر شخص خلیفه رسیدگی میشد، نیز یکی از مسئولیتهای خطیر اجتماعی بود.