مکتب شیخیه توسط شخصی به نام شیخ احمد احسائی (1242-1116 هـق) از اهالی احساء ، پایه گذاری شد که با ارائه تعبیرات فلسفی و عرفانی جدید درباره مقولاتی مانند ماهیت «روح» ، کیفیت معراج ، مفهوم «هورقلیا» ، «رکن رابع» و «شیعه کامل» و همچنین مقام امام در سلسله مراتب وجودی و نحوه ارتباط با آفریدگار موجبات تغییر و تحول گسترده در اندیشه طیفی از طلاب جوان علوم دینی شد و با اندیشههای جدید تلفیقی راه را برای ایجاد و گسترش نحلههای فکری هموار ساخت. نهایتا آنچه مکتب شیخیه در حوزه اندیشه به عمل آورد، سبب نضجگیری بابیه ـ بهائیه شد.
پس از شیخ احمد احسائی، شاگرد و جانشین او سید کاظم رشتی (1259 هـ . ق) مکتب شیخیه را وارد دوره تازهای کرد و مسئله بابیت و ظهور امام زمان را به نحوی به طلاب و شاگردان خود آموزش داد که تمامی آنها در انتظار ظهور قریب الوقوع امام به سر میبردند و برای دستیابی به مقام «بابیت» و «نیابت» و در جستجوی شیعه کامل و تعیین رکن رابع به عبادات سخت مشغول بودند. در چنین فضایی بود که علی محمد شیرازی ـ شاگرد سید کاظم رشتی ـ ادعای بابیت امام زمان کرد و با گردآوردن جمعی زیاد از پیروان شیخیه به دور خود، مسلک جدیدی را پدید آورد که به «بابیه» معروف شد. البته علی محمد باب پس از مدتی دعوی گرانتری نمود و خود را «قائم آل محمد» خواند.. در توقیعی که خطاب به ملا عبدالخالق یزدی نگاشت ، ادعای خود را چنین ابراز کرد :«اننی انا القائم الذی انتم بطهور توعدون»
وی سپس خود را «مبشر من یظهره الله» خواند و مانند عیسی ،موسی و محمد بن عبدالله دانست و معتقد شد که با ظهورش دین جدیدی به نام «بیان» تحقق پذیرفته است.
از میان ادعاهای چند گانه «باب» آنچه باعث شهرت وی گشت، ادعای «بابیت» وی بود، بر پایه همین ادعا نیز بود که جنبش اجتماعی در خور توجهی پدید آمد و با بیان جنگهای شگفتآوری با قوای دولتی نقاط مختلف کشور به عمل آوردند و در دل حکومتگران وحشتی عظیم پدید آوردند.
دولت مرکزی در برابر این چالشها ، علی محمد باب را که در زندان قلعه چهریق به سر میبرد به تبریز آورد و طی یک محاکمه در مقابل علما او را محکوم به اعدام کرد. (1266 هـ ق) . اعدام علیمحمد باب موج شدیدی از اعتراضات بابیان، در شهرهای مختلف را برانگیخت . اما مهمترین واقعه که منجر به سرکوب شدید بابیان و اخراج آنان از ایران شد، واقعه ترور نافرجام ناصرالدین شاه توسط چند تن از افراد بابی بود. (1268 هـ.ق) سوء قصد به جان شاه قاجار ، پیامدهای سنگینی برای بابیان در بر داشت. به دنبال این عمل تلاش وسیعی از طرف حکومت، برای دستگیری و قتل بابیان صورت گرفت و بنا به نوشته زعیمالدوله، انقلاب و اضطراری شدیدی در تهران پدید آمد که چهارصد نفر از بابیان کشته و دهها نفر که بابی نبودند، اما از سوی دشمنانشان به بابیگری متهم شده به آنان محلق شدند.
به دنبال این اقدام کلیه بابیان به همراه رهبرانشان از ایران اخراج شدند و به بغداد گریختند. از این زمان روند تغییر محتوایی جنبش بابیه به فرقه بهائیه آغاز شد. و حمایت دول بیگانه و پشتیبانی آنان از بابیان در به ثمر رسیدن این جریان هویدا گشت.