معبد مهر که باید آن را در ردیف یکی از نخستین سکونتگاهها و معابد بشر پیش از تاریخ محسوب کرد از تاریخ ناگفته مراغه حکایت دارد. این معبد در زیر یک گورستان تاریخی قرار داردو با خاکبرداری، بخشهایی از آن ، خود را نمایان کرده، اما همچنان بخش عمدهای ازآن در زیر خاک قرار دارد.
معبد "مهر" نیایشگاه زیرزمینی ومحل پرستش خورشید و برگزاری آیین مهرپرستی در جنوب روستای ورجوی مراغه به صورت زیرزمینی و صخره ای بنا شده است. پیروان آیین مهر، آن را با تراشیدن قطعه سنگی عظیم از جنس شیست با دهانهای به عرض 5/4 متر به وجود آوردهاند.این بنا را از نظر حجم کار و دقت هنرمندانی که در امر حجاری آن دخیل بوده اند می توان جزء نمونه های ارزنده ستایشگاه های کهن دانست.
مهرابه ها نیایشگاه های مهرپرستان در دنیای باستان بوده است . مهرپرستی دینی ایرانی بوده که پرستش خورشید از اجزای اصلی آن به شمار می رفته است. دینی که از ایران در دوره ای نیز به اروپای غربی رخنه کرد.اما اکنون از مهرابه های کهن در این شهر تنها معبد مهرو معابد (غارهای ) اطراف رصدخانه مراغه به یادگار مانده است و بس . گرچه اکنون از معبد مهرجز نامی و نشانی دیگر چیزی باقی نمانده ؛ اما کماکان نشان از تاریخچه بسیار غنی این سرزمین تاریخی دارد. مهر یا میترا خدایی بوده که پرستش او در غرب تا شمال انگلستان و در شرق تا هند، هزاران سال رواج داشته است و هنوز هم مورد احترام زرتشتیان است. پیروان مهر او را فرشته مهر و دوستی و عهد و پیمان و مظهر فروغ و روشنایی میپنداشتهاند. آنها بر این عقیده بودند که مهر در غاری متولد شده است از اینرو هر جا غاری مییافتند، در آن به پرستش و نیایش مهر میپرداختند و آن مکان را «مهرابه» میگفتند.
این معبد به عنوان یکی از کامل ترین پرستشگاه های تاریخی ایران ، در دوره اسلامی یعنی زمانی که ایلخانیان بر ایران پارسی حکومت می کردند دستخوش تغییراتی شد تا نشانه هایی از اسلام اکنون بر تن این معبد به یادگار بماند و صدالبته این نشانه ها اکنون به دلیل اهمال مسوولان امر با تیشه و چکش غارتگران میراث ایرانی بیشتر آشنا هستند تا ضربه مرمت استادکاران آثار تاریخی برای حفظ این یادگار کهن ایرانی.
طبق تحقیقات و بررسی ها معلوم شده که در این معبد آرامگاه یکی از علمای بنام و با تقوی مراغه یعنی آخوند ملا معصوم مراغه ای قرار دارد که بعد از وفاتش در این معبد دفن شده است.
