تاسیس حزب جمهوری اسلامی
آیت الله خامنه ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، هم زمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره ی گذار[۱۴۳]، به همراه سید محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت می کرد[۱۴۴]. این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ رسماٌ اعلام موجودیت کرد اما پایه های تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ بر می گردد که در آن برخی از مبارزان از جمله مؤسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی در صدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه ی اسلامی بودند[۱۴۵]. بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماههای منتهی به پیروزی انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانیها بر عهده داشت که فعالیت آیت الله خامنه ای در این زمینه قابل ملاحظه بود[۱۴۶].
از دلایل تأسیس حزب جمهوری اسلامی می توان به پرکردن خلاء ناشی از فقدان تشکیلات منظم و روزآمد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی، کمک به تداوم انقلاب و حفظ یکپارچگی و حضور مردم در صحنه، پی ریزی بنیانهای اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقش آفرینی امام خمینی در دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشه ی اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه به لحظه ی سیاسی مردم، کمک برای تأمین نیروی انسانی دستگاه های اجرایی برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضع گیری صریح و صادقانه در برابر ترفندها و فریبهای دشمنان داخلی و خارجی اشاره کرد[۱۴۷]. وی از تهیه کنندگان مرامنامه ی حزب بود. در تقسیم بندی وظایف اعضا نیز وظیفه ی تبلیغات حزب را برعهده گرفت[۱۴۸]. ایشان عضو مؤسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دوره ی تأسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتارها و جزوه هایی ارائه نمود. او در تأسیس شعبه ی حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در ۲۶ اسفند ۱۳۵۷ افتتاح کرد.
دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی
پس از آیت الله بهشتی و دکتر باهنر ـ اولین و دومین دبیرکل حزب ـ آیت الله خامنه ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد[۱۴۹]. در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه ی ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت می کرد و مقوم پایه های نظام جمهوری اسلامی بود[۱۵۰].
ایشان حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی می دانستند. نخستین کنگره ی حزب در اردیبهشت ۱۳۶۲ برگزار و آیت الله خامنه ای برای دومین بار به دبیرکلی حزب و عضویت شورای مرکزی[۱۵۱] و شورای داوری حزب[۱۵۲] انتخاب شد. وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسه های حزب جمهوری اسلامی در تهران و شهرستانها شرکت می کرد و ضمن تبیین مأموریتها و اهداف حزب، به پرسشهای دفاتر، شعب و اعضای حزب پاسخ می داد[۱۵۳].
ایشان هم زمان با دوره ی دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را بر عهده داشت. در این دوره فعالیتهای حزب به دلایل مختلف، از جمله: رفع بحرانهای سالهای اولیه ی انقلاب، تأسیس نهادها و سازمانهای مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال شخصیت های محوری حزب از جمله آیت الله خامنه ای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیانگذاران مؤثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح بندیها در درون حزب، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیه ی خود را نداشت[۱۵۴]. لذا آیت الله خامنه ای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش نامه ای به امام خمینی و ذکر دلایل یادشده، به ویژه پیدایش و تشدید جناح بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیتهای آن شدند[۱۵۵]. امام خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیتهای حزب تعطیل شد[۱۵۶].
امامت جمعه ی تهران
امام خمینی در ۲۴ دی ۱۳۵۸ آیت الله خامنه ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند[۱۵۷]. ایشان نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کردند[۱۵۸]. از این تاریخ تا واقعه ی ۶ تیر۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به ایشان سوء قصد و بر اثر آن به شدت مجروح گردیدند، به جز مقطع ۲۱ بهمن تا ۶ اسفند ۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر میبرد، نماز جمعه ی تهران را اقامه کردند[۱۵۹]. پس از آن نیز همواره این سمت را بر عهده داشت.
اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه ی جمعه به منظور انسجام شبکه ی امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه ی فیضیه ی قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد[۱۶۰]. وی در خطبه های نماز جمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهم ترین و قاطع ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده و همچنین، به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبه های عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلام بود، از ویژگی های خطبه های ایشان بوده است.