این مسجد در انتهای بازار رنگرزان واقع شده است و در دورهٔ شاه عباس دوم به دست پزشک او حکیم محمد داوود در محل ویرانههای مسجد جامع دیلمی جورجیر یا مسجد صاحب اسماعیل بن عباد از قرن چهارم هجری بنا شده است.
کتیبههای سردرها و ایوانهای داخل این مسجد به سالهای ۱۰۶۷ تا ۱۰۷۳ هجری قمری مورخ است و آنها را محمدرضا امامی خوشنویس معروف عصر صفویه نوشته است. سردر مسجد جوجیر در شمال غربی این مسجد قرار دارد. مسجد دیلمی جورجیر «مسجد جامع صغیر» نام داشته و در نیمهٔ دوم قرن چهارم هجری مسجدی زیبا و باشکوه بوده است.
مسجد حکیم یا مسجد جورجیر، از مساجد چهارایوانی مربوط به اواخر دوره صفوی است. این مسجد، در منطقه قدیمی بابالدشت اصفهان قرار دارد و بانی آن حکیم محمد داود ملقب به تقرب خان، پزشک شاه عباس دوم و شاه صفی، بوده است. بنای آن از ۱۰۶۷ تا ۱۰۷۳ به طول انجامیده و دارای مساحتی حدود ۸۰۰۰ متر مربع است. مقبره محمد ابراهیم کلباسی در این مسجد قرار دارد
بانی مسجد ( جورجیر یا حکیم ) حکیم محمد داود ملقب به تقرب خان، پزشک شاه عباس دوم و شاه صفی، بوده و بدین سبب، مسجد به حکیم شهرت یافته است و چون در محله قدیمی جورجیر، در محل مسجدی از قرن چهارم معروف به مسجد جوءجوء یا جورجیر، که صاحب بن عباد آن را بنا کرده بود، ساخته شد، مسجد جورجیر نیز نامیده شده است.
بنای مسجد حکیم اصفهان ، براساس کتیبه سردر شرقی آن، در ۱۰۶۷ آغاز شده و بنابر کتیبه سردر شمالی، در ۱۰۷۳ پایان یافته است. این بنا در ۱۳۱۳ش به شماره ۲۲۳ به ثبت آثار ملی رسید.
در ۱۳۱۸ش قسمتی از سردر شمالغربی، یا سردر مسجد دوره دیلمیان، از زیر خاک نمایان شد و در ۱۳۳۵ش کاهگل آن کاملاً زدوده گردید. مسجد حکیم اصفهان در دهه سی شمسی و نیز در دهههای اخیر، به همت سازمان میراث فرهنگی، مرمت شده است
براساس کتیبههای موجود در مسجد حکیم ، از معماران این بنا محمدعلی بن استاد علیبیک بنّا اصفهانی، از کارشیکاران آن میرزامحمد کاشیپز، و کتیبهنگار آن خوشنویس نامآور عهد صفوی، محمدرضا امامی، بودهاند. نام خوشنویس دیگری به نام محمدباقر شیرازی نیز در یکی از کتیبهها دیده میشود.
