روستای ” خفر ” در هفت کیلومتری شمال شرقی نطنز به فاصله ای کوتاه از جاده آسفالته مرکز شهر به بادرود و در کنار رودخانه ای خشک در دامنه تپه ای قرار گرفته است . روستای خفر در طول جغرافیایی 51 درجه و 58 دقیقه و33 درجه و 32 دقیقه عرض جغرافیایی قرار گرفته است . ارتفاع متوسط آن از سطح دریا 1410 متر می باشد .
جمعیت روستا در سرشمار سال 1375، 154 نفر در 64 خانوار گزارش شده است و در آخرین سرشماری محلی ( اردیبهشت 1386) ، جمعیت آن 86 نفر گزارش شده است که از این جمعیت 49 نفر زن و 37 نفر مرد هستند . جمعیت اندکی هم در فصول خاصی به صورت موقت در روستا هستند که نمی توان آن ها را جزء جمعیت متمرکز روستا محسوب کرد . روستا در دو محله بالا و پایین در حال حاضر از جمعیت اندکی برخوردار است و جمعیت ساکن در مکان های گوناگون متفرق شده اند
آب وهوا : آب و هوای روستا با تابستان های گرم و زمستان های خشک با میزان بارندگی سالانه نسبتآ کمتر از نواحی جنوبی شهرستان ، از نظر آب وهوایی جزء معتدل ترین بخش های شهرستان می باشد زیرا در بین مناطق کوهستانی و کویری قرار دارد .
آب مورد نیاز روستا از قنات های بُزاغان ، پِِِِِریسمون ، کِهِق ( گنبی)، ونجی ، استخرجه و هونی تآمین می شود . قنات های یوزجریب و حسن آباد تا چند سال پیش بخشی از آب مورد نیاز مردم را تآمین می کردند اما اکنون خشک ومخروبه شده اند . بر اساس گزارش محلی آب مصرفی روستا در قدیم از آب انبار و چشمه بُزاغان تآمین می شده است .
