عمر مختار در کیرنایکا ، استان بطنان لیبی، در شرق طبرق در روستایی به نام جنزور به دنیا آمد. او زود یتیم شد، سرپرستی وی را شارف الغریانی، برادرزاده حسین غریانی، که رهبر سیاسی و مذهبی در کیرنایکا بود به عهده گرفت. او آموزش ابتدایی خود را در مسجدی محلی گذراند و سپس به مدت هشت سال اقدام به تحصیل در دانشگاه سنوسی  در الجغوب نمود، که مقر جنبش سنوسی بود. در سال ۱۸۹۹ وی با دیگر سنوسی‌ها برای کمک به ربیح الذبیر در مقاومت در برابر فرانسوی‌ها به چاد فرستاده شد.