هنوز در مورد عوارض دراز مدت سوء مصرف اکستازی اطلاع دقیقی در دست نیست . اما در این نکته که سوء مصرف اکستازی با خلوص بالا و به دفعات، کارایی و عملکرد سیستم عصبی مغز را به شدت دچار آسیب می کند شکی وجود ندارد. بیش از همه حافظه کوتاه مدت مغز دچار اختلال می شود. بعضی مصرف کنندگان می گویند که در حالت نشئگی حافظه کوتاه مدتشان را به کلی از دست داده اند اما در بعضی موارد حافظه دراز مدتشان فعال شده است. اکستازی مانند دیگر مواد مخدر سیستم ایمنی بدن را به شدت تضعیف می کند و آسیب پذیری بدن را در برابر بیماری های عفونی و ویروسی به شدت افزاش می دهد. علاوه بر آن ارگان هایی که کار دفع مواد سمی زاید بدن مثل کلیه و کبد را بر عهده دارند دچار صدمات جبران ناپذیر می شوند.
افرادی که مصرف را تازه شروع کرده اند زندگی روز مره شان هنوز تحت تاثیر مصرف قرار ندارد، اما پس ازحدود شش ماه مصرف مداوم، اشتیاق مفرط و غیر قابل کنترل به مصرف دایمی در آنها به وجود می آید. ضمن این که اشتیاق به مصرف این مواد فرد را به سمت استعمال و مصرف مواد مخدر دیگر مانند حشیش، کوکایین و حتی بعضی داروهای پزشکی روان گردان سوق می دهد.