واژه سنقر دگرگون شده سنقار است که در زبان ترکی نام مرغی شکاری است. احتمال می‌رود این پرنده در این شهرستان وجود داشته و به همین جهت این ناحیه به سنقر معروف شده‌است. قدیمی ترین متنی که نام سنقر بدین صورت در آن آمده کتاب تواریخ سلاجقه است. در دوره سلاجقه امرای سنقر به نام «آق سنقر» معروف بوده‌اند. در دوره صفویه اسدآباد جزء منطقه سنقر شمرده می‌شده‌است. در زمان شاه عباس صفوی، فرماندار سنقر عثمانیان را از مرز بیرون راند. در دوره افشاریه و زندیه سران ایل کلیایی که خود را از اعقاب صفی خان از خانهای دوره صفوی می‌دانند به حکومت سنقر منصوب بوده‌اند. نام قسمت کردنشین این ناحیه از اسم ایل کلیایی ماخوذ و به کلیایی معروف شد. چون دو قسمت سنقر و کلیایی شهرستان را تشکیل دادند این شهرستان سنقر و کلیایی نامیده شد