اسکندر پس از این پیروزی عازم مصر شد.مصریان که از پیروزیهایش آگاهی یافته بودند،از در فرمانبرداری در آمدند.اسکندر بی هیچ زحمتی بر سراسر مصر دست یافت و فرمان داد تا در کنار دریای مدیترانه بندری به نامش ساخته شود:بندر اسکندریه. شاه مقدونی سپس به عزم تعقیب داریوش و تسخیر ایران از مصر به سوریه بازگشت،با شتاب از فرات و دجله گذشت و در گوگمل واقع در نزدیکی موصل امروزی با سپاه دشمن روبرو گردید.در آنجا فزونی سپاهیان داریوش موجب هراس سربازان اسکندر شد.اما او ایشان را دلداری داده به جنگ برانگیخت.نخست پیروزی با ایرانیان بود و آنان بخشی از اردوی مقدونیان را غارت کردند.ولی باز هم اسکندر ـ چنانکه شیوه ی او بود ـ به جانب داریوش تاخت و بازوبینی ارابه ران وی را از پای در آورد.افراد سپاه ایران که گمان می کردند به جان شاه آسیب رسیده است،راه گریز در پیش گرفتند.داریوش که خود را تنها یافته بود،پای به فرار نهاد و اسکندر که امیدی به پیروزی نداشت کامروا گردید. داریوش از گوگمل به سوی همدان رفت.اسکندر نیز به جانب ایران رهسپار شده شهرهای بابل و شوش را به سبب خیانت حکمرانان آنها بی هیچ رنجی گرفت،خزاین و نفایس بسیاری به چنگ آورد و عازم پارس و تخت جمشید شد.در بندر پارس یک سردار ایرانی به نام آریوبرزن که بیست و پنج هزار سپاهی در اختیار داشت راه بر اسکندر گرفت و بسیاری از سپاهیان مقدونی را نابود ساخت.این سردار کار را بدانجا رسانید که اسکندر ناگزیر به عقب نشینی شد.ولی سرانجام به راهنمایی یکی از اسیران جنگی،خود را از بیراهه به پشت سپاه ایران رساند و جنگاوران آریوبرزن را در محاصره گرفت.سردار دلیر ایرانی که خود را در محصور دشمن می دید،با پنجهزار مرد جنگی بر سپاه مقدونی حمله برد،گروهی از آنان را به هلاکت رساند،صفهای دشمن را در هم شکست و راه تخت جمشید در پیش گرفت.اما از آنجا که دسته ای از سپاهیان اسکندر میان او و تخت جمشید قرار گرفته بودند،نتوانست بدانجا وارد شود.ناگزیر بازگشت و آنقدر جنگید تا خود و همه ی سربازانش بر خاک افتاده در راه میهن خویش جان سپردند.اسکندر تخت جمشید را هم به آسانی گرفت،شمار انبوهی از مردم بیگناه را کشت و شهر را به باد غارت و یغما داد. ستمکاری و بدرفتاری اسکندر در این مورد به پایه ای رسید که تاریخ از بیان آن ننگ دارد.بسیاری از ایرانیان خانه ها را سوختند و خود را کشتند.کاخهای شاهی ایران لگد کوب سربازان بی سروپای مقدونی گردید.خزاین شاهنشاهان هخامنشی بدست آن قوم وحشی به یغما رفت.سربازان اسکندر بر سر تقسیم غنائم،خون یکدیگر را می ریختند.اسکندر برای تکمیل اعمال ننگین خویش،کاخ شاهنشاهان هخامنشی را به آتش کشید و با این کار،خاکستر بدنامی بر سر خویش ریخت.او از سر نادانی بر این باور بود که با سوختن تخت جمشید،به استقلال ایران خاتمه خواهد داد.ولی برخلاف پندار اسکندر،پس از زوال دولت مستعجل او باز هم استقلال کشور شاهنشاهی ایران بر مبنائی استوار قرار گرفت و از آن کشور گشائی خرابکارانه جز نامی ننگین در تاریخ ایران بر جای نماند. اسکندر پس از آسوده خاطری از غارت و انهدام تخت جمشید،به همدان رفته آنچه را که از چپاول خزاین بابل و شوش و تخت جمشید گرد آورده بود با ششهزار مقدونی در آن شهر نهاد و به دنبال داریوش عازم پارت(خراسان)گردید.