وقتى كه زيد در جنگ با دشمن ، سخت مجروح شد و او را بطور پنهانى به خانه يكى از يارانش بردند و در آنجا بسترى گرديد، يحيى بر پدر وارد شد و خود را كنار بستر پدر انداخت و سخت گريه كرد، زيد به فرزند رشيدش رو كرد و گفت :
فرزندم ! دست از پيكار با اين قوم برمدار؟ به خدا سوگند تو در مسير حق هستى و آنها در مسير باطل ، كسانى كه در ركاب تو كشته شوند، اهل بهشت خواهند بود.
زيد از دنيا رفت ، اصحاب باوفاى او با يحيى در مورد دفن پنهانى جسد پاك زيد به مشاوره پرداختند، تا سرانجام ، با راءى واحد، جسد زيد را در كنار نهرى شبانه دفن كردند، و آب را به روى قبر انداختند كه قبر زيد معلوم نشود.
يوسف بن عمر ثقفى حاكم كوفه پس از تسلط بر اوضاع ، چونان افعى زخم خورده ، با خشونت فوق العاده براى مردم كوفه سخنرانى كرد و در ضمن سخنرانى گفت :
همه شما از اين مطلب باخبر باشيد كه يحيى فرزند زيد خود را در حجله زنهاى شما پنهان كرده است ، همانگونه كه پدرش چنين كرد، (اين سخن درباره زيد و فرزندش جز افترا و تهمت نيست و مهمترين حربه ستمگران تهمت است ) سوگند به خدا اگر دستگيرش كنم ، به سخت ترين بلا گرفتارش ‍ خواهم ساخت .
يحيى در چنين شرائط سختى به سر مى برد، او مى دانست كه براى تقويت اسلام غير از نهضت چاره اى نيست ، از طرفى در صورتى نهضت او نتيجه بخش خواهد شد، كه از كوفه بيرون رود و تا آنجا كه ممكن است ، مردم را بر ضد حكومت ستمگرانه هشام بن عبدالملك دعوت نمايد، از اينرو پس از دفن بدن مطهر پدر، با ده نفر از اصحاب و ياران باوفاى پدرش بطور پنهان از كوفه به عزم خراسان بيرون آمدند او و همراهان از راه مدائن به طرف رى و از آنجا به شهر سرخس و از آنجا به بلخ روانه شدند.
يوسف (حاكم كوفه ) ماءمورينى را با تداركات كافى براى دستگيرى يحيى و همراهانش گماشت .