وی در بخشی از سخنان خود می گوید:
«... این اتفاقی که امروز افتاده و استماع فرموده اید، ویرانی شهر مدینه و حرکت به سوی عراق برای ویرانی قبور ائمه اطهار علیهم السلام، ضایعه بزرگی است.
دولت مکلف است تحقیقات کامل نموده، نتیجه را به عرض مجلس برساند ... به عقیده من فعلاً باید تمام فکر را صرف این کار کرد.
باید قدمهای مؤثر و قاطع و فوری که مقتضای دیانت و حفظ قومیت اسلام است، برداشت و هیچ چیز را مقدم بر این کار قرار نداد و نگذاشت که این مسئله، زیادتر از این؛ اسباب خرابی جامعه اسلامی شود.

مبادا یک ضرر عظیمتری بر ما مترتّب گردد. ما این تجاوزات را نمی توانیم ببینیم، نخواهیم گذاشت ادامه یابد و اماکن متبرکه و مراکز دینی و اسلامی، دستخوش {تجاوز} متجاوزین شود. با قدرت و قاطعیت آنها را حفظ می کنیم و متجاوزین را سرکوب می نماییم.»

شرافت علم

آن شهید دور اندیش عقیده داشت که باید در مدارس ، هم علوم دینی ترقی داده شود و هم علومی که مورد احتیاج روز است و با نخواندن علوم جدید در مدارس دینی سخت مخالف بود. ایشان خود در این باره می گوید:
«... باید معارف را به قسمی توسعه داد که تمام افراد ممالک استفاده نمایند، نه اینکه معارف را مجزا کنند که مثلاً پسر من که عمامه دارد، حساب نخواند، فقه بخواند.
خیر تمام علوم را باید همه بخوانند.»
اگر کتب علمی به زبانهای خارجی باشد افراد کمی از آنها استفاده می کنند و برای حل این مشکل باید کتابهایی که مورد احتیاج است جمع آوری شده به زبان اهل مملکت ترجمه شود. او در این باره به وزارت معارف پیشنهاد تأسیس دارالترجمه را داد.

مدرس و قیام تنباکو

مدرس در این باره می گوید:
«واقعه دخانیه توپی بود که سحرگاه، مردم تیزهوش خفته را بیدار کرد و به طور طبیعی از زلزله شدیدی که متعاقب آن بایستی به وقع بپیوندد، با خبرشان نمود.
عامه مردم که به علت بی خبری درکی از آن واقعه نداشتند، خطر را احساس نمودند و چون به علمای مذهبشان اعتقاد داشتند، همراه آنان به حرکت در آمدند ...»

در سخنی دیگر چه نیکو و عالمانه به تحلیل این واقعه می پردازد:
«... همه ملت جامعیت و همدلی خود را حفظ و از بزرگان خود اطاعت کرد و همه امضاهای زیر قرارداد را با آب کر شست ... من، بعد از واقعه دخانیه که به نجف رفتم ملت ایران را در کار «کأن لم یکن» {بی اثر} نمودن این قرارداد فهمیدم و همه جا معروف بود که هیچ کس از دورن و برون به قصر شاه توتون و تنباکو نمی رساند.