امام خمینی(ره) همین شکاف و اختلاف بین روحانیون را در شهادت شیخ فضل‌الله‌نوری مؤثر دانستند و فرمودند: «حتی قضیه مرحوم آقا شیخ فضل الله را در نجف هم یک جور بدی منعکس کردند که آنجا هم صدایی از آن در نیامد این جوّی که ساختند در ایران و در سایر جاها، این جوّ اسباب این شد که آقا شیخ فضل الله را با دست بعضی روحانیون خود ایران محکوم کردند و بعد او را آوردند در وسط میدان و به دار کشیدند و پای آن هم ایستادند و کف زدند و شکست دادند اسلام را در آن وقت، و مردم غفلت داشتند از این عمل، حتی علما هم غفلت داشتند.»7