جالب است كه خود میرزای شیرازی تا جایی به شیخ اعتماد داشت كه در جواب یكی از تجار تبریز كه از میرزا می پرسد: اگر بنا بود از كسی تقلید كنید از چه كسی تقلید می كردید؟ می گوید: «از آقای حاج شیخ عبدالكریم تقلید می كردم.» (۶) از خاطرات فرزند شیخ این نكته به دست می آید كه ایشان دوباره به اراك هجرت كرده اند. یكی در سال ۱۳۱۸ كه به سلطان آباد اراك هجرت می كنند و به تدریس مشغول می شوند كه تا سال ۱۳۲۴ به طول می انجامد. ولی به علت انقلاب مشروطه ایشان به كربلا بازمی گردند. در كربلا ایشان كتاب ارزشمند درر الاصول را كه كتابی در علم اصول فقه است و بسیار محققانه محرر گردیده می نویسد، همچنین كتاب «الصلاه» را كه بحث خارج ایشان در فقه است به تحریر درمی آورد. در سال ۱۳۳۲ ایشان برای همیشه به ایران بازمی گردند و در اراك رحل اقامت می افكنند. اقامت ایشان در اراك تا سال ۱۳۴۰ ه. ق به طول می انجامد. آوازه تدریس علوم و معارف اسلام توسط ایشان در اراك به سمع طلاب و فضلای سراسر كشور می رسد و آنها برای كسب این علوم به اراك سرازیر می شوند.

در همین سالهاست كه امام خمینی(ره) كه قصد داشت تا برای ادامه تحصیل از خمین به اصفهان برود، وقتی نغمه دل انگیز و روحانی حوزه علمیه اراك آن روز به زعامت شیخ را می شنود تغییر عزم داده، رو به سوی اراك می كند و در آنجا به بحث و درس مشغول می شود.(۷) گرچه اراك روز به روز رونق بیشتری می یافت، اما اراك به لحاظ تاریخی و جغرافیایی از موقعیتی مناسب برای مركزیت حوزه های علمیه ایران برخوردار نبود، زیرا به لحاظ سابقه تاریخی با قم قابل قیاس نبود.چرا كه وجود حرم مطهر حضرت معصومه(ع)، به شهر مقدس قم معنویتی خاص بخشیده است. از طرف دیگر، با وجود مرقد مطهر حضرت معصومه(س) و سابقه درخشان حوزه علمیه آن در طول تاریخ از این موقعیت تاریخی برخوردار بود تا بار دیگر به عنوان مركز حوزه های علمیه احیا گردد. شیخ نیز از این موضوع آگاهی داشت و دنبال فرصت مناسبی می گردید تا این مقصود را عملی سازد. ایشان در سال ۱۳۴۰ ه . ق به دعوت مردم و علمای قم وارد قم می شود. مهاجرت ایشان به قم زمینه كوچ دسته جمعی شاگردان ایشان را به قم فراهم می آورد. پس از ورود شیخ به قم بسیاری از مدرسین حوزه قم به احترام شیخ دروس خویش را تعطیل كردند و به همراه شاگردان خود در درس شیخ حاضر گردیدند. بنابراین می توان سال ۱۳۴۰ هجری قمری مطابق با ۱۳۰۰ هجری شمسی را سال احیاء و یا تأسیس مجدد حوزه علمیه قم دانست. شیخ تا پایان عمر یعنی سال ۱۳۵۳ ه. ق در قم باقی می ماند و با تمام وجود برای تجدید بنای حوزه و ایجاد بنیادهای لازم برای اداره و پرورش طلاب تلاش و كوشش می نماید كه به آن اشاره خواهد شد. دقیقاً یك سال قبل از مهاجرت شیخ به قم، رضاخان میرپنج با یك كودتای انگلیسی كه در تاریخ ۳ اسفند ۱۲۹۹ هجری شمسی واقع شد زمام امور را عملاً به دست گرفت و از سلطنت قاجار جز نام و نشانی آن هم در قانون اساسی باقی نماند. او در ۲۱ آذر ۱۳۰۴ شمسی رسماً خود را پادشاه نامید و خاندان قاجار را از مقام سلطنت خلع نمود. زمینه هایی كه منجر به سر كار آمدن رضاشاه شد و حوادثی كه بعد از آن به وقوع پیوست باعث گردید تا شرایط حفظ حوزه و مدیریت آن بسیار دشوارتر از قبل گردد. كاملاً طبیعی بود كه نحوه واكنش به چنین پادشاه مستبدی كه دارای ویژگیهای متمایزی از پادشاهان قبلی است بسیار متفاوت باشد. شیخ میان «حفظ حوزه علمیه» و «مقابله و قیام برابر رضاشاه» ، اولی را اهم تشخیص داد و سعی نمود تا این نهاد نوپا را از گزند حوادث مصون بدارد. ایشان در برابر این اشكال علماء كه چرا در برابر این ظالم و طاغی اعلام جهاد نمی كنید، فرمود: «والله من حفظ حوزه را اهم می دانم... والله می دانم كه مورد هتك قرار می گیرم ولی تكلیف چاره ای غیر از این ندارم.» (۸) . البته ایشان حتی در این شرایط سیاسی صعب نیز به سكوت مطلق رو نیاورد و اعتراض خود را از طریق ارسال تلگراف و یا افراد مختلف به مقامات می رساند. ایشان در قضیه كشف حجاب، سكوت خود را می شكند و با اشاره به رگ های گلوی خود می گوید: «تا پای جان باید ایستاد و من هم می ایستم، ناموس است. حجاب است. ضرورت دین و قرآن است.» (۹) ایشان در ضمن تلگرافی اعتراض شدید خود را به رضاشاه می رساند و می گوید: «می شنوم اقدام به كارهایی می شود كه مخالفت صریح با طریقه جعفریه و قانون اسلام دارد كه دیگر خودداری و تحمل برایم مشكل است.» (۱۰) خطیب شهیر مرحوم فلسفی وضعیت شیخ را در قضیه كشف حجاب اینگونه روایت می كند: «طلاب، مردم و برخی از مدرسین ناراحت بودند كه چرا آیت الله حاج شیخ عبدالكریم حائری به رضاخان تلگراف نمی زند. یك روز قبل از ظهر به منزل حاج شیخ رفتم و دیدم كه تكیه به دیوار داده و روی آجر زمین نشسته، پایش را دراز كرده، عمامه اش هم افتاده است. از یكی پرسیدم: چه شده است؟ گفت: عده ای به اینجا آمدند و حاج شیخ را مورد حمله و اهانت قرار دادند و جمله های خیلی بدی گفتند كه چرا ایشان به رضاخان تلگراف نمی زند و اعتراض نمی كند! نزدش نشستم. دلداری اش دادم تا قدری سرحال آمد. گفتم: بفرمایید، برویم منزل ما كه امروز ناهار را در آنجا بمانید و كمی استراحت كنید. ایشان هم برای این كه از آن محیط خلاص شود و با افرادی نیایند و مزاحم شوند، قبول كرد و در سرداب منزل ما قدری استراحت كرد. بعد از ناهار هم در همان جا خوابید. پس از ساعتی كنار دیوار حیاط فرش پهن كردم و پشتی نهادم. وقتی بیدار شد، عرض كردم: از آن هوای گرفته سرداب بیرون آیید و در حیاط و در هوای آزاد بنشینید. آمدند و نشستند من بودم و حاج شیخ وقتی دیدم از آن حالت ظهر بیرون آمده، گفتم: حاج شیخ! شما آقا هستید؛ عالم هستید؛ آیت الله و مرجع تقلید مسلمین هستید. وضع و شرایط مملكت طوری پیش آمده كه باید تلگراف كنید والا حیثیت شما را با تهمت آلوده می كنند. حاج شیخ گفت: به نظر من تلگراف كردن برای این كار مثل این است كه كسی خودش را به چاه بیندازد. من می دانم كه ضرر دارد.

گفتم با این كه می دانید، باید این كار را بكنید. مرحوم حاج شیخ، بنابر عادت فكر می كرد و پنجه اش را داخل محاسنش می كشید. پس از چند لحظه گفت: خیلی خوب، كاغذ و قلم بیاورید. من هم آوردم حاج شیخ كلمه به كلمه می گفت و من هم می نوشتم. بعد هم امضاء كرد. بخشی از متن تلگراف ایشان در تاریخ یازدهم تیر ماه ۱۳۱۴ كه خطاب به رضاشاه مخابره شده است چنین است:« اوضاع حاضر كه بر خلاف قوانین شرع مقدس و مذهب جعفری علیه السلام است موجب نگرانی داعی و عموم مسلمین می باشد. حتم و لازم است كه جلوگیری فرمایید... امید است رفع اضطراب این ضعیف و عموم ملت شیعه بشود.»(۱۱).

امروز و پس از گذشت هشتاد و چهار سال از تأسیس دوباره حوزه علمیه قم می توان پی به اهمیت اقدام آیت الله شیخ عبدالكریم حائری یزدی مشهور به« حاج شیخ موسس» برد. مرحوم امام خمینی(ره) كه یكی از شاگردان برجسته حاج شیخ است در پاسخ به این سؤال كه چرا شما قیام كردید ولی مرحوم حاج شیخ عبدالكریم قیام نكرد می فرمایند:«اگر مرحوم حاج شیخ در حال حاضر زنده بودند، همان كاری را انجام می دادند كه من انجام داده ام. تأسیس حوزه علمیه كمتر از تأسیس جمهوری اسلامی در ایران نبود. » (۱۲) آیت الله حائری برای حوزه یك نظام جامع تدوین كرد كه شامل درجات و سطوح تحصیلی، امتحانات و ملبس شدن به لباس مقدس روحانیت می شد، از طلابی كه درخواست ورود به حوزه علمیه قم را داشتند امتحانی گرفته می شد و آمادگی آنان برای ورود به حوزه سنجیده می شد. ایشان به استقلال حوزه از دولت اعتقاد عجیبی داشت به گونه ای كه حتی اجازه نمی داد تا وزارت معارف در تعیین مواد امتحانی طلاب دخالت كند. وزارت معارف تنها موفق گردید در اصل برگزاری امتحانات نظر موافق شیخ را جلب نماید. گفتنی است ایشان در مورد تصمیم وزارت معارف، در مورد برگزاری امتحانات طلاب در تهران نیز معترض گردید و وزارت معارف را ملزم كرد امتحانات را در قم برگزار نماید. علاوه بر این مسایل، دولت برنامه امتحانات و دروس مشخصی را تعیین كرده بود كه درس هایی چون تاریخ، جغرافی، ریاضی، زبان و غیره را در كنار دروس حوزوی دربرمی گرفت. در این باره آیت الله حائری خطاب به مسئولان دولتی گوشزد نمود:« اگر این مملكت روحانی می خواهد، برنامه امتحانی اش را باید من تعیین كنم. این كه شما برای ما مواد امتحانی تعیین كرده اید، مانند آن است كه من بخواهم برای سربازخانه های شما افسر و فرمانده تعیین كنم.» (۱۳)