توييتر به علت مشكلات امنيتي شديد و چندين بار هك شدن و از كار افتادن كه آخرين بار توسط گروهي موسوم به ارتش سايبر ايرانيان رخ داد مورد انتقادهاي شديد بوده و بسياري از كاربران اين سايت به همين علت از توييتر به شدت انتقاد كرده اند.
استدلال توييتر اين بوده كه كلمات عبور اين كاربران ساده و قابل حدس زدن بوده و به همين علت آنها را بر طبق تشخيص خود تغيير داده است. مديران اين سايت مدعي هستند كه تمهيدات گسترده اي را براي افزايش امنيت اين سايت در نظر گرفته اند و از اين پس اجازه نخواهند داد امنيت اين سايت به خطر بيفتد.
يكي از مسئولان اين سايت اعلام كرده كه به نظر مي رسد لينك دادن برخي از كاربران به سايت هاي ثالث با هدف كمك كردن به هك اين سايت انجام مي شود و از اين پس در اين زمينه سختگيري بيشتري به عمل مي آيد.
در 5 ژانويه سال 2009 هم كلمات رمز 33 كاربر مشهور توييتر هك شد كه باعث شد كارآيي اين سايت هر چه بيشتر زير سوال برود.