مشكل ديگر خط ما اين است كه حرف‌هاي فارسي بسيار به هم شبيه‌اند. مثلاً در نظر بگيريد كه تفاوت «ر» با «ز» با «ذ» يا «ب» با «ت» تنها در يك نقطه است، و چون نقطه جزء بسيار كوچكي است، اگر يك خط يا حتي يك لك كوچك روي كاغذ بيفتد، تشخيص حروف از هم بسيار دشوار مي‌شود و دردسر جدي براي بازشناسي حروف توسط رايانه ايجاد مي‌كند. اينها تازه مشكلات خط فارسي است. دربارة اعداد فارسي هم اين مشكل وجود دارد: صفر ما يك نقطه كوچك است كه مي‌تواند رايانه را به اشتباه بيندازد؛ اعداد 4، 3، 2، 1 هم بسيار به هم شبيه هستند و تنها تفاوتشان يك دندانه كوچك است.
به دلايل گفته شده OCR درمرحلة كنوني در كشور ما مربوط به «دست‌نويس‌هاي گسسته» يا متن‌هاي تايپي پيوسته است، و تا بازشناسي متن‌هاي دست‌نويس پيوسته توسط كامپيوتر راه زيادي در پيش است، چون در دست‌نويس‌هاي گسسته، اگرچه حروف به هم شباهت دارند، حداقل جداجدا نوشته شده‌اند. در متن‌هاي پيوسته تايپي هم مشكل كشيده شدن يك حرف يا شكسته نوشته شدن حروف را نداريم.
البته به گفته مسئولان شركت «پايا» در حال حاضر هم نرم‌افزارهايي وجود دارد كه متن دست‌نويس پيوسته را تبديل به حروف جدا ازهم و گسسته مي‌كنند، ولي ضريب خطاي اين نرم‌افزارها زياد است و به شكل صنعتي درنيامده‌اند.