سید نورالدین حسینی در رجب 1312 ه ق. در شهر شیراز و در خانواده ای روحانی متولد شد. پدرش آیت الله سید ابوطالب حسینی شیرازی مؤلف کتاب اسرار العقائد است و سید هاشم بحرانی صاحب تفسیر البرهان از نیاکان وی است و آرامگاهش در بحرین زیارتگاه و مورد عنایت مردم است.

نسبت شریف وی به سید مرتضی علم الهدی برادر سید رضی می رسد. این سلسله از طریق ابراهیم بن موسی الکاظم(ع) به ائمه معصوم(ع) وصل می شود.