در جوار مقبره هارون ولایت، مسجدی قرار گرفته که در زما ن شاه اسماعیل اول صفوی به سال ۹۲۹ هجری قمری ساخته شده است. این بنای باشکوه و زیبا از نظر هماهنگی در ابعاد و اندازه ها و نیز از لحاظ آراستگی نمای سر در در عداد یکی از شاهکارهای عصر صفوی است.
مسجد علی در محل مسجدی ساخته شده که متعلق به عصر سلجوقی بوده و در عصر صفوی تخریب شده است. اما مناره قدیمی آن که حدود ۴۰ متر ارتفاع دارد و با کتیبه ای کوفی و کاشی تزئین شده باقی مانده است.
مسجد علی به شکل ۴ ایوانی ساخته شده و ایوان جنوبی آن از ایوان های دیگر بزرگتر است در پشت این ایوان شبستان گنبد دار قرار دارد.
گنبد مسجد علی از داخل با مقرنس های گچی تزئین شده و کتیبه ای به خط ثلث شامل آیاتی از قرآن کریم و تاریخ ۹۲۹ هجری قمری بر گردن گنبد نوشته شده است. خارج گنبد نیز با کاشیکاری تزئین شده است. کتیبه سردر به خط ثلث و با کاشیهای معرّق سفید بر زمینه آبی با خط شمس الدین تبریزی شامل آیاتی از قرآن کریم و نام شاه اسماعیل صفوی و بانی مسجد میرزاشاه حسین اصفهانی می باشد.
مسجد علی از نظر معماری و تزئینات و مقرنس های گچی داخل گنبد و کاشیکاری آن در ردیف مساجد بسیار مهم دوران صفوی به شمار می رود.
