مسمومیت غذایی در اثر خوردن و یا نوشیدن مواد غذایی آلوده به میکروبهای  مضر مانند باکتری، انگل و یا ویروس ایجاد میشود.

شایعترین راههای آلودگی به این میکروبها عبارتند از:

1- در طی فراهم آوری غذا:

به طور طبیعی در روده مرغ و گوسفند یکسری باکتری وجود دارند که اگر گوشت این حیوان بامحتویات روده در تماس قرار گیرد، می تواند غذا را آلوده کند. مرکز کنترل و پیشگیری بیماری آمریکا(CDC)  تخمین زده است که در بیش از نیمی از جوجه های خامی که در آمریکا وجود دارد کمپلیوباکتر (Campylobacter)  وجود دارد.

2- در هنگام کشت:

 سبزیجات و میوه جات سالم هنگامی که با آبی که با فاضلاب انسانی یا کود کشاورزی آلوده شده است شسته و یا آبیاری شود، میتواند آلوده شود. مسمومیت غذایی با استافیلوکک (Staphylococcus aureus)  و شیگلا(Shigella)  اغلب توسط آب آلوده انجام میشود.

3- در طی تهیه غذا:

 اگر غذای غیر مسموم توسط یک فرد آلوده تهیه شود و یا در تماس با یک ماده آلوده دیگر قرار گیرد، آلوده خواهد شد. برای مثال اگر از یک تخته گوشت آلوده برای قطعه کردن سبزیجات و آماده کردن گوشت خام استفاده شود، خطر آلوده کردن آن مواد وجود دارد.

4- از طریق محیط:

 بسیاری از میکروبهای مضر موجود در گرد و خاک یا آب آلوده می توانند به غذا راه پیدا کنند. مهمترین این میکروبها عبارتند از: ,  Clostridium botulinum, Clostridium perfringens, Cryptosporidium parvum.

آب آلوده به فضولات کشاورزی نیز میتواند چنین آلودگی را ایجاد کند.