عوارض آزمایش آمنیوسنتز:
-گرفتگی عضلانی و لکه بینی
پس از انجام این آزمایش بایستی به اندازه کافی استراحت کنید ممکن است دچار کمی گرفتگی عضلات و لکه بینی شوید.
بیرون آمدن کمی از مایع آمینوتیک

معمولاً دیواره کیسه آبی که سوراخ شده تا 48 ساعت بعد بسته خواهد شد ولی ممکن است کمی از آب اطراف جنین بیرون بیاید اگر میزان آب زیاد بود حتماً با پزشک خود تماس بگیرید.
آسیب‌دیدگی جنین

معمولاً این آزمایش با همکاری سونوگرافی انجام می‌پذیرد و محل قرار گرفتن جفت و جنین کاملاً مشخص می‌شود و این احتمال آسیب زدن به جنین را به،حداقل می‌رساند.
سقط‌جنین

آزمایش آمنیوسنتز حدود یک درصد خطر سقط را به همراه دارد به‌هرحال بایستی مزایا و معایب سنجیده شود و بعدازآن به انجام این آزمایش مبادرت ورزید.