پس از آوردن سر مطهر امام حسين عليه السلام به همراه ساير سرهاى شهداى كربلا عليه السلام، سر مطهر آن حضرت را به مدت سه روز در اتاقكى در گوشه شمال شرقى مسجد قرار دادند.
بعدها در آن‌جا بقعه‌اى به يادبود اين حادثه غم‌انگيز ساختند كه به مقام رأس‌الحسين عليه السلام مشهور گرديد. اين مكان پس از محراب امام زين‌العابدين عليه السلام در داخل اتاقى به ابعاد ۴ * ٣ متر قرار دارد و در جدار داخلى گنبد آن اسامى ائمه نقش بسته است. در سمت چپ اين اتاق ضريحى قرار دارد كه قبلاً از جنس چوب بود و اخيراً آن را مرمركارى نموده و ضريحى نقره‌اى بر روى آن نصب كرده‌اند. اين ضريح به صورت مستطيل با ابعاد ١ / ۵ * ١ متر مى‌باشد. در داخل ضريح پايه‌اى مستقر است و بالاى آن چيزى به شكل سر با پوشش سبز رنگ قرار دارد كه گويا از چوب يا سنگ ساخته شده است.
در داخل شبستان محفظه‌اى از نقره و بسيار كوچك به اندازه سر يك انسان در داخل ديوار به ياد محل قرار دادن سر مبارك حضرت جاسازى شده است كه معمولاً زايران آن را مى‌بوسند.
بر بالاى اين محفظه ابياتى به زبان تركى بدين شرح نوشته شده است:
شهيد كربلا سبط احمد مصطفى دربو كه آن را محمد فكرى الحسينى در سال ١٢٩١ قمرى سروده است.
