در سال 605 هجرى به دستور «امیر مظفر احمد بن اسماعیل» بزرگ خاندان آل مظفر، بزرگ ترین استاد کاشى ساز آن زمان «محمد بن ابى طاهر کاشى قمى» کار ساخت و پرداخت کاشى هاى متنوع مرقد حضرت معصومه(س) را در قم شروع کرد و بعد از هشت سال، در سال 613 کاشى هاى آن آماده گردید و کار گذاشته شد.
اخیراً در سال 1377 شمسى مرقد مطهر به شکل جدید که آمیخته اى از کاشى و سنگ است تجدید بنا شد و همچنین دیواره هاى داخلى با سنگ مرمر سبز آراسته گردید. آستان حضرت معصومه به شماره 128 در تاریخ 15 دی 1310در فهرست آثار ملی ثبت شده است.
مشاهیر مدفون در این آستانه
در زیر گنبد حضرت معصومه(س) 5 تن از امام زادگان و همراهان این بانو در سفر قم مدفون هستند که میمونه، دختر موسی مبرقع نوه امام جواد(ع)، ام محمد دختر موسی مبرقع، قاسم دختر کوکبی از نوادگان امام سجاد(ع)،ام حبیب کنیز ابوعلی نوه امام رضا(ع) و ام اسحاق کنیز محمد بن موسی مبرقع از آن جمله آنها هستند.
گروه دیگر که در جوار حرم کریمه اهل بیت(ع) آرمیدهاند علمای شیعه هستند؛ مشهورترین قبری که در اولین پرسش از خدام، به سوی آن راهنمایی میشوید، مزار "آیتالله بروجردی" است. سنگ قبر بزرگ و برجستهای که در راهروی مسجد اعظم قم در کنار مسجد بالاسر، زیر گنبد زیبایی قرار دارد و افراد معمولا در آنجا فاتحه و دعا میخوانند.
در سمت صحن اتابک وسط حیاط، سنگ قبر مرتفع "قطبالدین راوندی"، از علمای شیعی قرن ششم قرار دارد. در حجرههای صحن اتابک افراد مشهوری دفن هستند
مقابل آن در مسجد بالاسر حرم، چند قبر قرار دارد که جز دو یا سه ساعت بعد از نماز ظهر که خانمها میتوانند وارد این قسمت شوند، در دیگر ساعتها فقط برای ورود آقایان باز است. در اینجا مزار استاد "شهید مطهری"، "علامه طباطبائی"، "آیتالله بهاءالدینی"، "آیتالله حاج شیخ عبدالکریم حائری" (موسس حوزه علمیه قم)، "آیتالله بهجت" و ... قرار دارد.
در سمت صحن اتابک وسط حیاط، سنگ قبر مرتفع "قطبالدین راوندی"، از علمای شیعی قرن ششم قرار دارد. در حجرههای صحن اتابک افراد مشهوری دفن هستند؛ در یکی از آنها مزار شهید "دکتر مفتح" با سنگ قبر بزرگی ایستاده بر دیوار واقع شده است. البته این حجره محل پاسخ بهسوالات افراد به زبان اردو است، اما میتوان این سنگ قبر را از نزدیک دید.
آن طرف حیاط نیز در یکی دیگر از حجرهها مزار "شیخ فضلالله نوری" قرار دارد؛ قبری بزرگ با عکس بزرگ از ایشان.دسته دیگر از افرادی که در این مکان مقدس دفن شده اند مشاهیر کشورمان هستند؛ در یکی دیگر از حجرهها مزار "پروین اعتصامی" و پدرش، یوسف اعتصامی است. این حجره فرش شده و همین امر باعث شده تا افراد از این حجره استفادههای دیگری مانند کتاب خواندن کنند.
چهار پادشاه از صفویان، دو پادشاه از قاجار، و همچنین تعدادی از شاهزادگان قاجار در این مکان دفن شدهاند. پادشاهان صفوی در سمت جنوب غربی حرم (رواق جنوبی) دفن شدهاند. این قبرها تماماً برداشته شده و جای آنها هموار است. شاه صفی، شاه عباس دوم، شاه سلیمان و شاه سلطان حسین، این چهار شاه صفوی هستند.
پادشاهان قاجار یعنی فتحعلیشاه و محمدشاه هم در ضلع شمالی صحن عتیق دفن شدهاند. سنگ قبرها برداشته شده و اکنون در موزه نگهداری می شوند.
همچنین مهد علیا (مادر ناصرالدینشاه قاجار) در غرب قبر محمد شاه، منوچهر معتمدالدوله (حکمران اصفهان) در کنار قبر محمدشاه قاجار، میرزا حسن مستوفیالممالک در کنار قبر فتحعلیشاه و قهرمان میرزا (فرزند عباس میرزا) هم در میان قبر فتحعلیشاه و راهروی صحن مدفون هستند.