میاندوآب شهري سردسير در آذربايجان غربي است كه آب و هواي سردش مردمي محكم و پرصلابت بارمی آورد. اودر همان دوران كودكي مادرش را از دست داد و دور از دامن محبت او بزرگ شد . خانواده اش همگي مذهبي بودند و برادر بزرگش « علي » در يك گروه مخفي عليه رژيم شاه مبارزه مي كرد . مهدي سال آخر دبيرستان بود كه نيروهاي ساواك برادرش علي را در يك درگيري به شهادت رساندند و اين واقعه تأثير بزرگي بر روحيه او گذاشت . از آن پس مهدي همچون برادرش وارد مبارزه مستقيم با رژيم شد و فعاليت هاي انقلابي خودش را آغاز كرد .
يك سال بعد از آن كه ديپلمش را گرفت در كنكور ورودي دانشگاه تبريز قبول شد و تحصيلاتش را در رشته مهندسي مكانيك شروع كرد ، اما تحصيل در دانشگاه موجب دور شدن او از مبارزه انقلابي اش نشد . در آن سالها برادرش حميد كه به خارج از كشور رفته بود براي استفاده انقلابيون اسلحه تهيه مي كرد و مهدي در مرز تركيه اسلحه ها را از او مي گرفت و به ايران مي آورد . با آن كه اين فعاليتها كاملاً مخفي انجام مي شد ، ساواك به مهدي مشكوك شده بود و او را زير نظر داشت . چند بار هم او را احضار كرد ولي هر بار مهدي با زيركي و شجاعت با بازجوها برخورد كرد و نگذاشت هيچ سرنخي از او به دست بياورند .
درس دانشگاهش كه تمام شد بايد به سربازي مي رفت . پس مهندس جوان راهي پادگان شد . اما ورودش به پادگان مصادف بود با شروع وقايع انقلاب اسلامي و او كه دل در گرو انقلاب داشت فرمان امام خميني (ره) را مبني بر فرار سربازان از خدمت نظام اجابت كرد و از پادگان گريخت . از آن پس تا بيست و دوم بهمن 57 زندگي اش مخفيانه بود . در اين دوران فعاليت هاي انقلابي اش را ادامه مي داد و تا آنجا كه مي توانست به حركت انقلابي مردم كمك مي كرد .
انقلاب كه پيروز شد مهدي باكري خود را يكسره وقف تثبيت نظامي كرد كه ثمره خون شهدا بود . به سپاه رفت و در سازماندهي آن كمك كرد . در شهرداري مشغول به كار شد ،به جهادسازندگي رفت و جالب است كه از هيچ كدام حقوق نمي گرفت . اما شروع جنگ مسير اصلي او را مشخص كرد . « سپاه » مهمترين جايي بود كه مهدي مي بايست تمام نيروي خود را در آنجا صرف كند . چهل روز از جنگ گذشته بود كه مهدي ازدواج كرد . با معرفي يكي از دوستانش با خانم صفيه مدرس آشنا شد . يك ملاقات ساده زندگي مشترك آن دو را پي ريزي كرد و از پي آن جشني بسيار ساده گرفتند كه در خور زندگي عارفانه شان باشد . مهريه همسرش يك جلد قرآن بود و يك اسلحه كمري : « ميان ما آنچه پيوندمان مي دهد ايمان به خداست و مبارزه در راه او . »
مهدي ازدواج كرده بود اما بيشتر وقتش در جبهه مي گذشت . مدتي بعد همسرش را با خود به اهواز برد و در آنجا خانه اي گرفت تا كنار هم باشند ، اما اهواز كيلومترها دورتر از خط مقدم جبهه بود و دوري همچنان ادامه داشت .
در عمليات فتح المبين در منطقه رقابيه مهدي باكري معاون تيپ نجف اشرف بود و در همين عمليات بود كه از ناحيه كمر زخمي شد . اما زخم كمر او را از پا نينداخت . يك هفته در خانه استراحت كرد و دوباره به جبهه برگشت . در عمليات رمضان فرمانده تيپ عاشورا بود . در اين عمليات نمايشي مقتدرانه از فرماندهي جنگ ارائه داد. باز هم مجروح شد اما از پا نيفتاد .
عمليات بعدي مسلم بن عقيل بود . حالا ديگر تيپ عاشورا تبديل به لشگر شده بود و فرماندهي اش را مهدي بر عهده داشت . اين لشگر توانست بخشهاي مهمي از خاك ميهنمان را از دست نيروهاي بعثي خارج كند . بعد از آن عاشوراييان آذربايجان در عمليات والفجر مقدماتي و والفجر يك و چهار حماسه ها آفريدند و ضربه هاي مهلكي بر پيكر دشمنان متجاوز وارد كردند .
در عمليات خيبر « حميد »برادر مهدي به شهادت رسيد . مهدي حتي براي شركت در مراسم بزرگداشت برادر هم جبهه را ترك نكرد . او فقط شكر حق را به جا آورد و افسوس خورد كه چرا پيش از برادر به شهادت نرسيده است اما دل تنگي او ديري نپاييد . در بيست و پنجم اسفند سال 1363 وقتي كه نيروهاي رشيد لشگر عاشورا در عمليات بدر در ساحل دجله با دشمن پنجه در پنجه انداخته بودند ، گلوله اي ميان پيشاني او نشست و او را از عالم خاك رهانيد . پيكرش را در قايقي گذاشتند تا به سوي ديگر دجله ببرند ، اما در ميانه راه يك گلوله آرپي جي قايق را در هم شكست و مهدي به همراه امواج دجله رفت تا به دريا بپيوندد