فلسفه اصلی مخفی بودن قبر حضرت زهرا سلام الله علیها مربوط می شود به وقایع و جسارتهایی که از طرف خلفای وقت و اطرافیان خلفا، به آن بزرگوار وارد شده بود،
در این زمینه نقل شده است که حضرت زهرا(س) زماني كه وقت رحلتشان نزديك شد و در بستر به حالت احتضار بسر مي‌بردند، حضرت علي ـ عليه السّلام ـ بر بالاي بسترشان آمدند و بعد از صحبتهايي كه با همديگر كردند، حضرت فاطمه(س) اجازه خواستند تا چند وصيّت به همسرشان علي ـ عليه السّلام ـ كنند.( حجه اللّه النجفي الرضوي الاميري، احتجاج الزهرا فاطمه، انتشارات فروزان، چاپ دوم، ص210. (
از جملة وصاياي حضرت زهرا(س) به علي ـ عليه السّلام ـ اين بود كه فرمودند: اي پسرعمو! اگر تا چند ساعت ديگر از دنيا رفتم جنازه‌ام را شبانه تشييع كن و مراسم تشييع مرا اعم از غسل و كفن و نماز خواندن و دفن كردن بايد در محيطي مخفي و پنهان انجام دهيد و فقط به كساني اجازه در تشييع دهيد كه ظلم و جفا نسبت به من روا نداشته‌اند و حتّي به يك نقل، حضرت زهرا(س) تصريح كردند كه نگذاريد ابي‌بكر و عمر بر من نماز بخوانند و در تشييع جنازه من شركت كنند. حال بحث در اين‌است كه علّت اجازه ندادن حضرت زهرا(س) در مراسم تشييع حضرت بيانگر چيست؟
يقيناً حضرت زهرا(س) با اين كارشان مي‌خواستند بار ديگر همانند جريان فدك مبارزه‌ی جدیدی را با وصيّت‌نامة سياسي خويش شروع كنند كه ضربة سهمگيني به حكومت وقت وارد سازند. (خشاوي، شهين، زندگاني سياسي حضرت زهرا(س)، تهران، نشر عابد، چاپ اول، 1378، ص 280).
فاطمة اطهر(س) با وصيّت خويش افكار خفتة مردم مدينه را بيدار مي‌ساختند و توجه افكار عمومي را نسبت به پايمال كردن حقّ خويش جلب مي‌كردند) عاملي، سيد جعفر مرتضي، رنجهاي زهرا(س)، ترجمة محمد سپهري، قم، نشر ايام، چاپ اول، 1378، ص 223).
اميرالمؤمنين با عمل به وصيّت زهرا(س) اذهان جامعه را دچار شك و ترديد كردند و مشروعيت خليفه را زير سؤال بردند و مظلوميت حضرت زهرا(س) را بيشتر آشكار ساختند و اين سؤال را هميشه براي همگان مطرح كردند كه چرا قبر زهرا(س) مخفي مانده است.
بدين طريق زمانيكه حضرت زهرا(س) از دنيا رفتند مردم سراسيمه به خانة حضرت زهرا(س) مي‌آمدند و منتظر بيرون آمدن جنازه بودند كه علي ـ عليه السّلام ـ به ابوذر فرمودند: برو و با صداي بلند اعلام كن كه برگردند چرا كه تشييع جنازة دختر رسول‌خدا امشب صورت نمي‌گيرد و به تأخير افتاده‌است. مردم كه متفرق شدند حضرت علي ـ عليه السّلام ـ با كمك اسماء بدن حضرت را غسل و كفن كردند و در نيمة شب با عده‌اي از نزديكان و ياران خويش كه عبارت بودند. از: سلمان، ابوذر، مقداد، عمار، عباس و زبير و چند تن ديگر به همراه علي ـ عليه السّلام ـ جنازة دختر رسول‌خدا را شبانه تشييع كردند و شبانه به خاك سپردند و حضرت علي ـ عليه السّلام ـ قبر حضرت فاطمه(س) را هم‌سطح زمين كردند و حتي روايت شده در چند نقطه در بقيع حضرت، قبر درست كردند تا دشمنان متوجه نشوند كه قبر حضرت فاطمه(س) كدام‌يك است و اين راز مخفي ماندن قبر فاطمه(س) براي هميشه مانده است و كساني هم كه حضور داشتند ديگر بعدها محل اختفاء قبر فاطمه(س) را بيان نكردند. (مجلسي، محمدباقر، بحارالانوار، ترجمة محمدجواد نجفي، انتشارات اسلاميه، 1354، جلد دهم، ص 195).
مرحوم شيخ صدوق در علت دفن شبانه آن حضرت مى‌نويسد:
عَنِ الْحَسَنِ بْنِ عَلِيِّ بْنِ أَبِي حَمْزَةَ عَنْ أَبِيهِ قَالَ سَأَلْتُ أَبَا عَبْدِ اللَّهِ عليه السلام لِأَيِّ عِلَّةٍ دُفِنَتْ فَاطِمَةُ (عليها السلام) بِاللَّيْلِ وَ لَمْ تُدْفَنْ بِالنَّهَارِ قَالَ لِأَنَّهَا أَوْصَتْ أَنْ لا يُصَلِّيَ عَلَيْهَا رِجَالٌ [الرَّجُلانِ].
علي بن ابوحمزه از امام صادق عليه السلام پرسيد: چرا فاطمه را شب دفن كردند نه روز؟ فرمود: فاطمه سلام الله عليها وصيت كرده بود تا در شب وى را دفن كنند تا ابوبكر و عمر بر جنازه آن حضرت نماز نخوانند. (الصدوق، أبو جعفر محمد بن علي بن الحسين (متوفاي381هـ)، علل الشرايع، ج1، ص185، تحقيق: السيد محمد صادق بحر العلوم، ناشر: منشورات المكتبة الحيدرية ومطبعتها - النجف الأشرف، 1385 - 1966 م).
مرحوم صاحب مدارك رضوان الله تعالى عليه مى‌گويد:
إنّ سبب خفاء قبرها ( عليها السلام ) ما رواه المخالف والمؤالف من أنها ( عليها السلام ) أوصت إلى أمير المؤمنين ( عليه السلام ) أن يدفنها ليلا لئلا يصلي عليها من آذاها ومنعها ميراثها من أبيها ( صلى الله عليه وآله ).
علت مخفى بودن محل دفن فاطمه سلام الله عليها آن گونه كه مخالف و موافق نقل كرده‌اند اين است كه آن حضرت به اميرمؤمنان عليه السلام سفارش كرد تا او را شبانه دفن كند تا آنان كه او را اذيت كرده و از ارث پدرش محروم كرده بودند بر وى نماز نخوانند. (الموسوي العاملي، السيد محمد بن علي (متوفاي1009هـ)، مدارك الأحكام في شرح شرائع الاسلام، ج 8، ص279، نشر و تحقيق مؤسسة آل البيت عليهم السلام لإحياء التراث، الطبعة: الأولي، 1410هـ).
بنابراين با توجه به مطالبی که عرض شد، علت مخفي ماندن قبر آن حضرت را مي توان در امور زير خلاصه كرد:
1. اينكه، دشمنان و غاصبان حق آن مظلومه به قبر آن حضرت دسترسي نداشته باشند تا روزي در صدد نبش آن برنيانيد.
2. اينكه، خود آن حضرت خواستند كه شبانه و مخفيانه، دفن شوند كه به تبع آن قبرشان مخفي بماند.
3. با توجه به محتواي وصيت ايشان در مورد دفن آن حضرت؛ مي توان گفت كه مي خواستند با اين كار، افكار عمومي را بيدار كرده و مردم را نسبت به ظلم حكام زمانشان نسبت به ايشان و علي(ع)، آگاه سازند، و لذا، این سوال را که چرا قبر حضرت فاطمه(س) مخفي ماند را براي هميشه در اذهان مردم زنده نگه دارند.
در پایان نقل یک قضیه خالی از لطف نیست: مرحوم آيت الله مرعشى نجفى(ره) ازپدر بزرگوارش مرحوم حاج سيد محمود مرعشى نقل مىكردند که آن مرحوم در صدد بود كه به هر وسيلهاى كه ممكن باشد، محل دفنحضرت زهرا را به دست آورد، به اين منظور ختم مجربى را آغاز مىكند و چهل شب آن را ادامه مىدهد، تا درشب چهلم به خدمت حضرت باقر و يا حضرت صادق علیهما السلام شرفياب مىشود، امام(ع) به ايشان مىفرمايد: «عليك بكريمه اهل البيت» به دامن كريمه اهلبيت پناه ببريد. عرض مىكند: بلى من هم اين ختم را براى اين منظور گرفتهام كه قبر شريف بىبى را دقيقا بدانم و به زيارتش بروم. امام(ع) فرمود: منظور من قبر شريف حضرت معصومه در قم مىباشد. سپس ادامه داد: براى مصالحى خداوند اراده فرموده كه محل دفن حضرت فاطمه همواره مخفى بماند و لذا قبر حضرت معصومه را تجليگاه قبرآن حضرت قرار داده است. هر جلال و جبروتى كه براى قبر شريف حضرت زهرا مقدّر بود خداوند متعال همان جلال و جبروت را بر قبر مطهر حضرت معصومه(س) قرار داده است. (كريمه اهل بيت، ص٤٣).
