این غار مهم ترین غار منطقه به حساب می آید که در بیدگل واقع است و از طریق فارسان قابل دسترسی می باشد. این غار مسیر باریک و درازی داشته و در میان آن دریاچه زیبایی وجود دارد. در نزدیكی این غار چشمه ای از داخل زمین می جوشد. غار آقا سید عیسی نیز مانند پیرغار دارای اهمیت مذهبی بوده و مورد احترام اهالی منطقه است.
از شهرکرد به سمت فارسان و سپس بیدکل حرکت می نمایید بعد از پیمودن مسافتی حدود 48 کیلومتر از شهرکرد به جاده ای فرعی وخاکی می پیچید، در ابتدای این جاد دهانه حفره ای که معمولا اشکفت نامیده می شود خودنمایی می کند ولی این دهانه غار آقا سیدعیسی نیست، اندکی که در جاده پیش بروید و تقریبا کوه را دور بزنید ، دو راهی وجود دارد آنرا به سمت چپ بروید در انتهای راه سمت راست و پایین تر از جاده آلاچیق های بزرگی خودنمایی می کند و کمی جلوتر دقیقا در انتها مسیر خاکی می توانید دهانه ی غار آقا سید عیسی را مشاهده نمایید.
غار سید عیسی یکی از غارهای مذهبی استان می باشد و در ابتدای مسیر می توانید نشانه های بسیاری را مشاهده نمایید ، مانند باقی مانده شمع ها ، دخیل ها ، عکس امامان و دعاهای مختلفی که می توانید مشاهده کنید. به همین دلیل ورودی غار دارای پلکانی دست ساز می باشد و به راحتی می توانید وارد شوید.
این غار بصورت دو طبقه می باشد که در ابتدا از دهانه بصورت یک دالان مستقیم که تقریبا هیچگونه فرعی ندارد تا انتهای یک چاه کاملا عمودی پیش می رود که پس از رسیدن به این چاه یا دالان عمودی، درصورتی که از گازهای سمی خبری نبود می توانید حدود 6 الی 7 متر به صورت دست به سنگ بالا بروید تا به طبقه دوم برسید و ادامه پیمایش را درپیش گیرید. (تذکر این نکته الزامی است که بخصوص در طبقه دوم مواظب گازهای سمی باشید). در زمان هایی که گازهای سمی در این غار زیاد می شود به شدت باعث مردن خفاش های درون غار می شود که با دقت بر سطح آب می توان لاشه های آنها را ملاحظه نمود. مواظب آلودگی ها باشید
آقا سید عیسی از علما و فضلای بزرگ زمان خود بوده است. آقا سید عیسی مشهور به سید صوفی و صاحب حالات صوری و معنوی و دارای کشف و کرامات بوده است. ایشان در علم جبر و اعداد نیز دست داشته اند. اکثرا منزوی بوده و معتکف می شدند. ایشان در بورجان (یکی از توابع لرستان) مدفون است. در زمان ظل السلطان ایشان به شهادت رسیده اند.
