امام باقر (ع) نه تنها بنیانگذار شیوه جدید تفكر در جهان اسلام است، بلكه دورهای جدید را در تاریخ اسلام رقم میزند. ویژگیهای این تاریخ بهطور خلاصه عبارتند از:
1 - ارائه طرحی برای گسترش دانش و علوم مختلف
2 - تدوین دیالوگ ویژه عصر برای این منظور
3 - ارائه روشی نظام مند و عقلانی برای تبیین و توضیح علوم و معارف دینی. تا آن جا كه ایشان معتقد بودند روش شیعه نه روش افراطیون (یعنی غلات شیعه) و نه تفریط گرایان(ظاهرگرایان)، بلكه روشی است میانه رو.
نقل است كه ایشان در اعتراض به سخنان غلوآمیز برخی فرقهها، درباره جایگاه و مقام معنوی خاندان پیامبر، از آنها خرافهزدایی كرده و مطرح میكردند كه درباره ما چیزی میگویند كه ما نیستیم.
علاوه بر آن ایشان با جمعآوری احادیث موثق، به دنبال آن بودند كه روش فهم احادیث را در متن، به صحابه و دیگر دانشمندان عصر بیاموزند. بدین معنی كه ایشان خود را در بستر و متن تحولات زمانه خویش قرار میدادند و تلاش فراوانی مبذول میكردند تا حقیقت را به دیگران بیاموزند.
4- ایشان تلاش میكردند حقیقت متن، در شیوه تعامل با مخالفان برای آنان آشكار و روشن شود.
5 - مهمترین حركت ایشان در این عصر تاسیس فرهنگ مكتوبی است كه جلوههای آن در مکتب علمی امام صادق (ع) و آثار علمی قرنهای بعدی اسلام نمودار میشود. این تعبیر كه رسانهای شدن مفاهیم منجر به مهاجرت آن میشود، میتواند در توضیح حركت امام باقر (ع) و تلاش ایشان جهت ایجاد فرهنگ مكتوب و استفاده از كتاب كه امروزه به عنوان یك رسانه نیز تلقی میشود، كارساز افتد.
6 - ارائه بنیانی منسجم برای بسترسازی جهت پژوهشهای علمی آینده. در همین زمینه میتوان به حركت پرشور قرنهای دوم و سوم اسلامی اشاره كرد. این دوران شكوهمند اسلامی كه به«نهضت ترجمه» مشهور شد، چیزی نبود جز گردآوری دانشمندان مختلف از اقصی نقاط جهان با فرهنگ و اعتقادات مختلف در كنار هم.
7- قلمروزدایی از رشد علم و دانش. تا قبل از امام باقر (ع)، حوزه علم، در نظام خلفای بنیامیه تا اندازه زیادی وابسته به دربار بود. نباید فراموش كرد كه خلفای بنیامیه سعی داشتند نهضت علمگرایی را، در قالب علوم حكومتی بدون پرداختن به مسائل مردم، عمده كرده و نخبگان عصر را در آن چارچوب هدایت كنند. اما شیوه علمی امام باقر (ع) كه برخلاف این جریان ره میسپرد، عبارت بود از تقویت بنیههای علمی تمام امت اسلامی.
8- به دنبال قلمروزدایی و تقویت بنیه علمی در حوزه علمی، پایههای رشد نهضت ترجمه نیز فراهم شد. به نحوی که افرادی از همه نقاط جهان اسلام، اعم از علمای صابئی، نصرانی، یهودی، مسلمان و زرتشتی گرد آمدند و بعدها نظامیه بغداد را با هزاران جلد كتاب ، مركز دانشاندوزی خود قرار دادند.
9 - این ویژگیها باعث میشد تا جهان علم با حقیقت از منظر دیگری مواجه شود. اما پرسش بنیادین این است كه حقیقت زمانه امام باقر (ع) چه بود؟ و ایشان چگونه به دریافت آن نایل شدند؟