بیشتر سقط‌هایی كه در سه ماهه اول بارداری رخ می‌دهد، به دلیل ناهنجاری‌های كروموزومی در جنین است.
زمانی كه سلول تخم تشكیل و تقسیم می‌شود، ممكن است اختلالاتی در تعداد یا در ساختمان كروموزوم به وجود آید كه در این صورت حاملگی طبیعی نیست و بهتر این است كه جنین در چنین وضع سقط شود. كروموزوم به ساختار بسیار ظریف و كوچك داخل سلول اطلاق می‌شود كه ژن‌های زیادی را حمل می‌كند.
ژن‌ها تعیین‌كننده خصلت فیزیكی افراد نظیر جنس، رنگ مو، رنگ چشم و نوع گروه خونی است. بیشتر ناهنجاری‌های كروموزومی به طور اتفاقی رخ می‌دهد و ربطی به سلامت پدر و مادر ندارد.
معمولا 60 درصد سقط‌ها این علت را دارد و نگرانی در مورد تكرار آن بی‌مورد است، ولی درصد كمی از سقط‌ها ممكن است علت زمینه‌ای داشته باشد كه باعث تكرار سقط شده و باید از لحاظ مشكلات كروموزومی، مشكلات غدد داخلی و ایمونولوژی بررسی شود.
بعد از یك‌بار سقط جنین، نیاز است كه تمام عوامل آن بررسی شود و معمولا بعد از یك‌بار سقط، به طور لزوم احتمال تكرار آن وجود ندارد. توصیه می‌شود بعد از سقط جنین در فاصله سه ماه، برای بارداری اقدام صورت بگیرد.
