این مدرسه به دستور فتحعلی شاه قاجار و در زمان ملا ابراهیم نجم آبادی (متوفی ۱۲۴۰ قمری) از حکمای قرن سیزدهم، به وسیله میرزا عبدالکریم نجم آبادی – از خواص دربار فتحعلی شاه – در روستای نجم آباد (از توابع شهرستان نظرآباد) ساخته شد.
شاه به هنگام عبور از قزوین پس از ملاقات با ملا ابراهیم دستور ساخت این مدرسه را صادر کرد.
وی به هنگام دستور ساخت این مدرسه گفت:
«تو (میرزا عبدالکریم) رعیت او (ملا ابراهیم نجم آبادی) هستی و باید افتخار کنی و در وطن خود (نجم آباد) مدرسه و مسجدی برای او بسازی. در یکی از اسناد اوقاف درباره موقوفات مدرسه نجم آباد آمده‌است:«وقتی که کار به مرافعه کشیده شد موضوع در سال ۱۲۶۳ قمری در محضر آقا میرزا ابوالقاسم امام جمعه تهران مطرح شد و حکمی از آن محضر به وقفیت این املاک صادر گردید.»
در سال ۱۲۸۶ قمری شیخ هادی نجم آبادی وقتی به روستای نجم آباد وارد می‌شود مدرسه را از سکنه خالی و رو به انهدام می‌بیند.
در مدت دو سال مجدداً کار مدرسه به تعطیلی می‌کشد تا آنکه در سال ۱۳۱۵ قمری نوادگان واقفان تصمیم می‌گیرند سهمیه هزینه این مدرسه را در مدرسه نجم آبادی که در محله سنگلج تهران بود به مصرف برسانند. مدرسه علميه نجم آباد كه در دوره قاجاريه يكي از مدارس معروف بود هم اكنون خرابه هاي آن به جاي مانده است.
