یازده سالى که این بنده خدا عنوان سلطنت و اورنگ فرمانروایى صفوى را یدک مىکشید، در حقیقت دوره تسلط امراى قزلباش بود و جمیع امور مملکت در دست آنها قرار داشت. در خاندان صفوى، هیچ پادشاهى حتى شاه سلطان حسین هم به اندازه او سست رأى و بازیچه اراده درباریان نبود. به خاطر بى حالى و سست رأیى او، دربار دچار طغیان و تمرد حکام و عرصه ستیزه جوییها و دسته بندیهاى امراى طوایف چون؛ شاملو، استاجلو و دیگران شد. بى حالى بیمار گونه او دست همسرش مهد علیا خیرالنسا بیگم را که چون به خاندان امراى محلى مازندران منسوب بود، از داعیه قدرت طلبى خالى نبود، در کارها باز گذاشت. اما مداخله او در امور مملکت با طبیعت خشن و با غیرت بدوى گونه امراى قزلباش سازگارى نداشت؛ و تحمل امر و نهى یک زن هر چند ملکه باشد، از حوصله طاقت و تربیت آنها خارج بود. یک چند او را از مداخله در کارها بر حذر داشتند؛ سپس پنهانى به تهدید او پرداختند، اما مهد علیا که ذاتا" قدرت طلب و استیلاگر بود، به تهدید آنها وقعى ننهاد و سرکردگان قزلباش را از خود رنجاند. عاقبت، عدهاى از سران آنها متحد شدند، و خشمگین و مسلح به دولتخانه ریختند؛ ملکه در پیش چشم پادشاه و شوهر که در یک لحظه از فرط ترس، ظاهرا" به کلى نابینا شده بود، را با وضعى فجیع و با خشونت بسیار هلاک کردند؛ حتى مادر پیر ملکه را نیز که در نزدیک دولتخانه سکونت داشت، به قتل آوردند «987 ق / 1579 م» و در این کار از هیچ اهانتى به حیثیت مرشد کامل و صوفى اعظم و مظهر الوهیت فروگذار نکردند