از شگفت انگیزین نکات این دوره تاریخ، آن است که به رغم فشارهای فراوانی که از سوی دولت سجلوقی و نیز باوندیان مازندران بر اسماعیلیان الموت و قهستان وارد می آمد، آنان، تنها با داشتن چند قلعه، نه تنها در تمام دوران دولت سلجوقی دوام آوردند، بلکه تا سقوط ایران به دست مغولان همچنان دولت و پایگاه های خود را حفظ کردند.
ما در مرحله نخست تشکیل دولت اسماعیلی از حسن صباح، بزرگ امید و فرزندش محمد که تا سال 557 دولت اسماعیلی را رهبری می کردند، سخن گفتیم.به گزارش جوینی که پس از فتح الموت توسط مغولان، به اسناد و کتاب های آنها دسترسی داشته است، حسن فرزند محمد، به سال 520 به دنیا آمد.وی دانشی از آنچه اسماعیلیان داشتند آموخت و در سخن گفتن و خطابه سرایی و بافتن کلمات مسجع مهارتی یافت.در زمان امامت پدرش، کسانی او را امام موعود دانستند .در این مدت به تدریج یک گرایش جدید در الموت در حال شکل گیری بود.پدرش سخت این مطلب را انکار کرده و می گفت که اساسا نه او امام است و نه فرزندش، بلکه آنها داعی و نایب امام هستند.با سختگیری های محمد در کشتن شماری از باطنیان، فتنه مزبور به طور موقت آرام گرفت.
زمانی که حسن در سال 557 به رهبری اسماعیلیان رسید، نوعی تحول فکری در الموت، از دو جهت پدید آمد.نخست آن که حسن اعتقادی به آداب و رسوم شرعی که از زمان حسن صباح در الموت تبلیغ می شد، نداشت.به نوشته جوینی «در اوایل جلوس به جای پدر، به هر وقت رسوم شرعی و قواعد اسلامی را که از عهد حسن صباح التزام آن نمودندی، مسخ و فسخ جایز می داشت و تغییری می کرد.»
وی در هفدهم رمضان آن سال، همه مردم را زیر چهار علم سپید و سرخ و سبز و زرد گرد آورد و اعلام کرد که رأفت و رحمت امام سبب شده تا پایان رسوم شریعت اعلام شود.وی گفت که قیامت فرا رسیده و دیگر نیازی به اجرای احکام شرعی نیست.او خطبه را به عربی می خواند و کسی را در پای منبر نهاده بود تا سخنان او را به فارسی برای مردم ترجمه کند.پس از خطبه، دستور داد تا غذا آورده و همه افطار کردند! این تحول، بر اساس نوعی تأویل گرایی در مفاهیم صریح دینی بود که اسماعیلیان از ابتدا، مهارتی تمام در آن داشتند.آنها هر مفهوم دینی مانند نماز، روزه و...را به گونه ای غیر عادی تفسیر می کردند.این بار نیز گفتند که «قیامت آن وقت باشد که خلق با خدا رسند و بواطن و حقائق خلایق ظاهر گردد و اعمال طاعت مرتفع شود که در عالم دنیا همه عمل باشد و حساب نه و آخرت همه حساب باشد و عمل نه...در شریعت فرموده بودند که در شبانروزی پنج نوبت عبادت خدای باید کردن و خدای را بودن، آن تکلیف ظاهر بود، در قیامت خود به دل، دائما خدای را باید بودن!» .باطنیان در این گونه تأویل ها که دین را از اساس بی هویت می کرد، استادی تمام داشته و آثار فراوانی که بسیاری از آنها به صورت محرمانه در میان خودشان وجود داشت، در این باره تألیف کرده بودند.
تحول دومی که در این زمان پدید آمد، آن بود که تا پیش از آن، حسن صباح و دو جانشین وی، بزرگ امید و محمد، خود را نایب و داعی امام می خواندند.برای آنان، امام واقعی نزار پسر مستنصر فاطمی بود که در مصر به امامت نرسید و حسن صباح امامت او را باور داشت.
اکنون باطنیان اعلام کردند که حسن از نوادگان نزار فاطمی است که روزگاری پدرش از مصر به الموت انتقال یافته است.نوشته اند که وقت تولد حسن، زنی وی را به جای فرزند محمد پسر بزرگ امید نهاد و به این ترتیب، این بار بحث جانشینی تمام شد و حسن امام رسمی اسماعیلیان نزاری ایران گردید.
تمامی امامت حسن بیش از چهار سال دوام نیاورد تا آن که برادر زنش که از بقایای خاندان بویهیان بود، وی را در قلعه لمسر به سال 561 به وسیله کارد کشت.
محمد فرزندش در حالی که نوزده سال بیش نداشت به امامت رسید و تا چهل و شش سال بعد (سال 607) امامت اسماعیلیان را عهده دار بود.او نیز پای بند به عقاید پدر بود.جوینی نوشته است:
ملاحده در روزگار او بسیار خون های ناحق ریختند و فتنه ها انگیختند و فسادها کردند و مالها بردند و راه ها زدند و بر فساد الحاد مصر بودند و بر قاعده کفر مستقر.
تلخ ترین این سالها برای اسماعیلیان، سال 595 بود که میان الناصر عباسی و خوارزمشاه صلح شد.خوارزمشاه به قلعه های اسماعیلیان حمله کرده قلعه ارسلان شاه را در نزدیکی قزوین تصرف کرد.پس از آن به محاصره الموت آمد که اسماعیلیان سخت از آن دفاع کردند و از جمله کسانی که در این محاصره کشته شد، صدر الدین محمد رئیس شافعیان شهر ری بود.به طور معمول، این فقیهان برای تحریک بیش تر مردم در جنگ بر ضد باطنیان، خود همراه سپاه می آمدند.
با بازگشت خوارزمشاه از محاصره، همان سال، اسماعیلیان وزیر وی نظام الملک مسعود را کشتند .نوشته اند که او مدرسه ای بزرگ با کتابخانه در خوارزم بنا کرده و شافعی معتقدی بود.بعد از آن باز سپاه خوارزمشاه بازگشت، اما پس از مصالحه ای که صورت گرفت، جنگ پایان یافت .علت اصلی صلح، خبر بیماری سلطان خوارزمشاهی بود.
سلاطین الموت/سالهای حکومت
حسن صباح/483 518
کیا بزرگ امید/518 532
محمد بن بزرگ امید/532 557
حسن بن محمد/557 561
محمد (دوم) بن حسن/561 607
جلال الدین حسن نو مسلمان/607 618
علاء الدین محمد (سوم) /618 653
رکن الدین خورشاه/653 654
در سال 597 قهستان و گناباد خراسان، که جمعیت آن تماما اسماعیلی مذهب بودند، مورد حمله غوریان قرار گرفتند.در این حمله برخی از روستاهای آنان به طور کامل ویران شد.در سال 600 بار دیگر غوریان بر اسماعیلیان خراسان در شهر قائن تاختند که کار با مصالحه پایان یافت.