وقتی نوح به اشاره این وزیر، ابوعلی چغانی را که در عهد امارت نصر، خود و پدرش خدمتها و جانفشانی هایی در راه سامانیان کرده بودند به سعایت بدخواهان و مخالفان از امارت خراسان معزول کرد «333 ق / 944 م»، با تحریک و توطئه طرفداران ابوعلی مواجه شد.
در بخارا احمدبن حمویه یکی از خویشاوندان ابوعلی به ایجاد نارضایتی در بین اهل سپاه متهم شد و به تحریک وزیر و امر نوح در زیر ضربات تازیانه جان سپرد «335 ق / 946 م».
ابوعلی چغانی زیر بار عزل نرفت و ابراهیم سیمجور نیز که از جانب نوح به جای ابوعلی چغانی منصوب شده بود نتوانست خراسان را از ابوعلی باز ستاند . در مرو که امیر نوح به قصد دفع عصیان ابو علی چغانی لشکر آورد، با شورش و غوغای سپاه خویش مواجه شد که عزل وزیر را طلب میکردند و او را موجب خشم لشکر و محرک عصیان امیر چغانی میشمردند. در واقع با وزارت این فقیه، بی نظمی در کارها رخنه کرده بود:
مواجب لشکریان عقب میافتاد و در جمع آوری خراج نیز نابسامانیها رخ میداد که موجب نارضایتی عموم مردم بود. بالاخره ناراضیان لشکر، ظاهراً با موافقت پنهانی نوح، وزیر فقیه را به قتل رساندند که بدین گونه دو ماه پس از قتل احمد بن حمویه او نیز کشته شد.
اتحاد ناکام مخالفان نوح بن نصر سامانی ابوعلی چغانی ، ابراهیم بن احمد عموی نوح نصر سامانی
ولی حتی قتل وزیر و رهایی از استبداد او هم، نوح را از خشم و ناخرسندی لشکر که طالب عزل و قتل او بودند نرهانید. تا این که عاقبت همین ناخرسندیها سبب شد کار ابوعلی چغانی و همدستانش در اظهار تمرد نسبت به امیر بخارا بالا گیرد. در واقع ابو علی ، ابراهیم بن احمد، عموی نوح را که بعد از ماجرای خباز به موصل گریخته بود، به خراسان دعوت و او را به امارت گماشت.
لشکریان نوح نیز که بعد از قتل حاکم جلیل، همچنان به سبب خالی بودن خزانه از دریافت مواجب خویش محروم بودند، غالباً به امید دریافت حقوقشان به شورشگران میپیوستند.
ابوعلی از جیحون گذشت و در بخارا ابراهیم بن احمد را به امارت اعلام کرد که به همین دلیل نوح ناچار به سمرقند گریخت. اما اتحاد ابراهیم با امیر چغانی بیشتر از دو ماه طول نکشید.
ابو علی چون از جانب ابراهیم ایمنی نداشت به چغانیان رفت و در عوض ابراهیم که از عهده مخالفت با اهل بخارا که هوا خواه امیر نوح بودند بر نمیآمد، نوح را به بخارا خواند و به این ترتیب از وی معذرت خواست. نوح در بخارا، بر خلاف پیمان، ابراهیم را توقیف کرد و با شورشیان هم به خشونت رفتار کرد. به این ترتیب امارت خراسان را به منصور بن قراتکین، از ترکان اسپیجاب داد که لشکری نستوه و در عین حال به سامانیان در جنگها خدمت بسیار کرده بود ، داد.
رویارویی نوح بن نصر با ابوعلی چغانی ابوعلی چغانی که هنوز داعیه امارت خراسان را داشت از بلخ راه بخارا را پیش گرفت و در آن جا به تهدید امیر نوح پرداخت.
اما در جنگ سختی که میان دو طرف در گرفت، شکست خورده و ناچار به چغانیان عقب نشینی کرد.
با آن که لشکر بخارا چغانیان را غارت کرد، سرانجام کار به مصالحه کشید و ابو علی ناچار به همان حکومت چغانیان که از قدیم به خاندانش اختصاص داشت راضی شد. اما در این میان منصور بن قراتکین، از افراط در شرابخواری وفات یافت . نوح بار دیگر امارت خراسان را به ابو علی چغانی داد بدین ترتیب ابو علی به خراسان بازگشت و کار امارت آن دیار را به دست گرفت «340 ق / 951 م».
این بار خراسان توسط ابوعلی نظم و امنیت از دست رفته خود را باز یافت و ابو علی بعد از اعاده نظم، با آل بویه که در این ایام در عراق قدرتی یافته و قلمرو سامانیان را در خراسان تهدید میکردند، در حدود ری در گیر شد. با این وجود صلحی که او با رکن الدوله دیلمی کرد، مقبول دربار بخارا واقع نشد و نوح، ابو علی را مجدداً از امارت خراسان عزل کرد. اما مقارن همین ایام نوح وفات یافت «ربیع الثانی 343 ق / آگوست 954 م». بعد از مرگش او را امیر حمید خواندند.
