از آن جایی كه ساسانیان نسب خود را به كیانیان و گوی ویشتاسب كه همان كی گشتاسب است می رساندند و وی آیین بهی زرتشت را پذیرفته بود، ایشان خود را پیرو مزدیسنی(كیش زرتشتی) می دانستند تا آنجا كه در دوره آنان آیین زرتشتی دین رسمی آنان گردید، همان گونه كه اشاره رفت نیای ساسانیان یعنی ساسان خود از روحانیونی بود كه ریاست معبد آناهیتای شهر استخر را به عهده داشت. پس از وی پسرش بابك همین مقام را عهده دار گردید و پس از تشكیل سلسه ساسانی و روی كار آمدن اردشیر با اراده وی دین زرتشتی دین رسمی كشور گردید. و به این ترتیب اتحاد آتشگاه و دربار شكل گرفت و روحانیون و مغان بر امور مستولی شدند. و اولین حكومت دینی در تاریخ ایران قبل از اسلام شكل گرفت.
اردشیر شاهنشاه ساسانی حتی در زمان حكومت خویش به منظور دست یابی به اهداف سیاسی خویش كه در وحدت و تمركز سراسر قلمرو خلاصه می شدو و در سایه آن آرامش و امنیت داخلی شكل می گرفت از هیچ كوششی حتی نایل آمدن به اقداماتی نظیر بكار گیری تعصبات مذهبی آزار و اذیت تعقیب و زندانی نمودن پیروان ادیان غیر زرتشتی فروگذار ننمود. و این سیاست كمابیش در طول عمر سلسه ساسانی نزد شاهان این خاندان اعمال می شد. به سبب توجه شاهان ساسانی به دین زرتشتی به عنوان دین رسمی كشور مقاماتی نوظهور نیز در دربار شكل گرفتند. از جمله موبذان موبذ كه رییس موبدان(روحانیون) كشور بودند. و هیربذان هیربذ و مقامات زیر دست آنها.
در عصر ساسانی آتشكده های زیادی در گوشه و كنار كشور برپا گردید. و به موبدان اختیارات و امتیازات قابل توجهی واگذار گردید. از جمله داشتن استقلال در امور و تصاحب املاك وسیع.
علاوه بر دین زرتشتی كه بیشترین پیرو را در كشور داشت آیین های دیگری نیز در شرق و غرب كشور ترویج می شدند كه پس از رسمی شدن دین زرتشتی پیروان آن ادیان و آیین ها در تنگنا قرار گرفتند. از جمله آیین بودایی در شرق، آیین مسیحیت و یهودیت در غرب كشور كه به دلیل خصومت ایران با روم و هم كیش بودن مسیحیان ایران با رومیان، پیروان این دین الهی بیشترین سهم را از آزار و اذیت و تعقیب و شكنجه دارا شدند. دو دین نوظهور كه ظاهرا در شرایطی شكل گرفتند كه اوضاع ایران در هنگام بروز و نشر آنها بسیار نابسامان بوده است. در زمان شاپور اول و قباد علنی شدند از آن جمله، آیین مانویت و مزدكی بود.
مانی در زمان شاپور اول ادعای پیامبری نمود. اندیشه وی كه تحت آیینی استقاطی شكل گرفته بود. مورد توجه و استقبال شاپور اول قرار گرفت، وی با ادیان و اندیشه های عصر خود آشنایی داشت و اختلاف مذاهب مختلف همواره ذهن وی را مشغول می داشت، مذهبی كه وی معرفی نمود،اختلاطی بود از دین های زرتشتی، عیسوی، بودایی و ... مانی معتقد بود كه عالم از عناصر روشنایی و تاریكی بوجود امده و به همین جهت اساس آن بر نیكی و بدی استوار است. اما در پایان دنیا روشنایی از تاریكی جدا و بر آن چیره می گردد. و صلح ابدی برقرار می شود وظیفه فرد مانوی آن بود كه بكوشد تا روشنایی و تاریكی را از یكدیگر دورسازد، یعنی وجود خویش را از بدی و فساد ـ كه زاده تاریكی است ـ منزه گرداند و از اصول اوست؛ مهردهان(پرهیز از اندیشه زشت و ناپاك) به همین سبب پیروان مانی از لذات دنیوی مانند: ازدواج، خوردن گوشت، نوشیدنی شراب و گرد آوری مال پرهیز می نمودند. مانی كتاب های زیادی برای ترویج دین خود نگاشت از آن جمله شاپورگان به زبان پهلوی بود كه آن را به شاپور تقدیم نمود و كتاب ارژنگ یا ارتنگ كه مانی به منظور تفهیم بهتر اصول كیش خود مسایل مورد نظر را با تصاویر زیبا جلوه گر می نمود. از این روی وی را مانی نقاش نیز می خواندند.
همان گونه كه گفته شد عقاید وی به سبب توجه شاپور به آنها و به منظور بهره گیری وی از این دین به منظور رفع اختلافات مذهبی بصورت مقطعی نشر و رواج یافت. ولی پس از مدتی به دلیل مخالفت شدید موبدان مورد خشم و كینه قرار گرفت و به دستور شاه بهرام به زندان افتاد و در زیر شكنجه جان داد و به قولی او را زنده پوست كندند وبه دارآویختند.
مزدك نیز خود از پیروان آیین مانوی بود و از مروجان این آیین محسوب می گشت كه علاوه بر عقیده به موضوع ستیز دو عنصر نور و ظلمت كه اساس عقیده مانی را تشكیل می داد. اندیشه های وی درباب حل معضلات اقتصادی و اجتماعی كه ریشه در تبعیضات طبقاتی داشت. مورد توجه قباد،پادشاه ساسانی قرار گرفت. كه دوران سلطنت وی مصادف با مشكلات اقتصادی و اجتماعی كه قحطی و خشكسالی نیز به آن علاوه گردیده بود، شد. عقاید مزدك مبنی بر تقسیم عادلانه منابع ثروت و تذكر این مهم كه همه انسان ها در برابر استفاده از نعمات خدادادی و طبیعی یكسان هستند. به مذاق طبقه صاحب ثروت و قدرت خوش نیامد و همین امر موجب به قتل رسیدن وی توسط مخالفنش گردید.
علاوه بر این ادیان نوظهرو، در قسمتی از نواحی جنوبی افرادی می زیستند كه به صایبین معروف بودند. آنان پیروان حضرت یحیی(ع) بودند كه مراسم دینی و آداب و رسوم ویژه خود را داشتند. به عنوان نمونه از خوردن گوشت گاو پرهیز می كردند و نماز صبح را پس از طلوع آفتاب می خواندند كه پیروان این آیین نیز از سخت گیریهای موبدان زرتشتی در امان نماندند.