مهم ترین بنادر استان شامل بندر بوشهر، بندر گناوه، بندر دیلم، بندر ریگ، بندر دیر، بندر کنگان، بندر نخل تقی، بندر عسلویه و بندر عامری می‌باشد. بندر بوشهر با دارا بودن ۷ پست اسکله به طول بیش از ۱۱۷۰ متر، ظرفیت پذیرش کشتی‌های پانزده هزار تنی و تخلیه و بارگیری بیش از ۳ میلیون تن کالا در سال را دارد. این بندر دارای فضایی بالغ بر ۳۷ هزار مترمربع انبار سرپوشیده می‌باشد. اسکله مسافرتی والفجر نیز به جابجایی بار و مسافر میان این استان و کشورهای حاشیه خلیج فارس می‌پردازد.
