می گویند حضرت امیرالمومنین (ع) خبر می دهد که رایت حضرت حجت (عج) را بر کوه سفیدی می زنند که مردم امروز به آن کوه خضر می گویند. مردم معتقدند که روزگار حضرت خضر پیامبر (ع) را در بالای این کوه دیده اند و به همین دلیل آن را به این نام می خوانند. در بالای این کوه مسجد کوچکی ساخته شده و بقعه دیگری که نشان از ارزش این کوه نسبت به کوه های دیگر دارد.

از پایین که نگاه کنید، کوه چندانن مرتفع به نظر نمی رسد اما برای رسیدن به مسجد و قدمگاه باید از بیش از 300 پله بالا بروید که یکی از زائران آن را نذر کرده و ساخته است. کوه خضر حد فاصل قم و جمکران قرار دارد و حدود سه کلیومتر با جمکران فاصله دارد.

روایت می شود که: «این محل مامن بزرگانی مثل ملا صدرا فیلسوف و حکیم متاله و مرحوم شیخ مرتضی زاهدقمی برادر حاج شیخ عباس قمی خاتم المحدثین(ره) بوده است، و در این اواخر مخصوصا مرحوم حاج شیخ جعفر مجتهدی که از علاقه مندان جدی به این مسجد بودند فراوان در آنجا ماوا می گرفتند، و می توان گفت ایشان آخرین چله نشین این مسجد مقدس بودند.»