اگر بخواهيم به تمام تفاوت های شيعه و سنی اعم از فقهی، کلامی، حديثی، تاريخی و...بپردازيم وقت و صفحات فراوانی را به خود اختصاص می دهد که مجال آن نيست. لذا تنها به تفاوتهای اصلی اشاره می شود.
1) اختلاف اساسي شيعه و سني برسر خلافت اسلامي و مرجعيت ديني است. اهل سنت امامت را به عنوان رهبري اجتماع قبول دارند، ولي امامت به معناي مرجعيت ديني و به معني ولايت را نمي پذيرند. اهل تسنن براي هيچ كس حتي براي ابوبكر و عمر و عثمان چنين منصبي را قائل نيستند، از اين رو عصمت را در امام و خليفه لازم نمي دانند، ولي شيعه امامان خود را معصوم از خطا مي دانند. از اين رو استاد مطهري(ره) اختلاف سني و شيعه را در بحث امامت ريشه اي مي داند و مي گويد: "آن چيزي كه شيعه به نام امامت معتقد است، غير از آن چيزي است كه آن ها به نام امامت معتقدند. آن چه اهل تسنن به نام امامت معتقدند، يك شأن دنيايي امامت معتقدند. امام همان حاكم ميان مسلمين، فردي از افرادي مسلمين كه بايد او را براي حكومت انتخاب كنند. آن ها بيش از حكومت بالا نرفتند، ولي امامت در شيعه مسئله اي است تالي تلو نبوت و بلكه از بعضي از درجات نبوت بالاتر است".
در هر صورت امامت نزد سنی يك مسئلة فرعي مثل نماز خواهد بود، اما امامت در شيعه مفهومي است نظير نبوت. در حقيقت ولايت ادامه نبوت است. اين از رو بايد در كنار نبوت به عنوان يكي از اصول و پايه های دين مطرح گردد.
شيعيان پيرو حضرت علي‌و معتقد به جانشيني بي‌واسطة آن حضرت بعد از پيامبر گرامي‌و نص و تصريح ولايت آن حضرت در غديرخم از طرف پيامبر اكرم‌مي‌باشند كه در پي آن پيامبر اسلام‌مردم را در صحراي گرم و سوزان "خُم‌ْ" متوقف كرد و با بيان خطبه‌اي از جمله فرمود: "من كنت مولاه فهذا علي مولاه; هر كس من مولا و ولي او بوده‌ام، علي مولا و ولي او است..." و به همين مناسبت آية 62، سورة مائده نازل شد.(الكافي، محمد بن يعقوب كليني;، ج 1، ص 420، دارالكتب الاسلامية، تهران.) و حديث مذكور در منابع و كتاب‌هاي معتبر اهل تسنن نيز نقل شده است.(ر.ك: الدر المنثور، جلال الدين السيوطي، ج 3، ص 98، داراحيأ التراث العربي، بيروت.)
به اعتقاد شيعيان ولايت و امامت حضرت علي بن ابيطالب در قرآن كريم نيز مورد تأكيد قرار گرفته و شأن نزول آية 55، سورة مائده كه به آيه ولايت معروف است ـ و نيز بسياري ديگر از آيات قرآن كريم دربارة حضرت علي‌مي‌باشد.(ر.ك: تفسير مجمع البيان، مرحوم طبرسي;، ج 2، ص 126ـ129، منشورات دارمكتبة الحياة، بيروت.)
شيعه معتقد است كه پس از حضرت علي‌امامام معصوم: يكي پس از ديگري جانشين پيامبر و بيان كننده قرآن و احكام الهي هستند و معتقدند كه تمام وظايف و شئوون پيامبر به جز دريافت وحي تشريعي، براي آنان ثابت است، به همين جهت احكام و معارف اسلامي را از آنان دريافت نموده و پيرو مكتب اهل بيت: مي‌باشند.
شيعيان همچنين معتقدند كه پيشواي مسلمانان بايد عادل، عالم و معصوم باشد و چنين كسي منصوب شده از ناحيه خداوند متعال است و شخص غيرمعصوم نمي‌تواند امامت و ولايت مسلمانان را بر عهده بگيرد و آيه تطهير(احزاب،33) دليل روشني بر عصمت اهل بيت: مي‌باشد.(ر.ك: تفسير نمونه، آيت الله مكارم شيرازي و ديگران، ج 17، ص 297ـ306، دارالكتب الاسلامية، تهران.)
ولي اهل تسنن چنين اعتقادي را ندارند و جانشيني پيامبر گرامي‌را به بيعت جمعي از مسلمانان با فردي و يا وصيت يك خليفه نسبت به خليفة بعد از خود و... معتبر مي‌دانند و اعتقاد دارند كه براي خلافت و رهبري مسلمانان عصمت شرط نيست و مردم هر كس را برگزيدند گر چه عادل هم نباشد، كفايت مي‌كند! آنان بعد از رحلت پيامبر گرامي‌به خلافت ابوبكر، عمر و عثمان معتقد هستند و حضرت علي‌را خليفة چهارم! مي‌دانند.
آنان منصبي را كه شيعيان براي امامان معصوم: قائلند، قبول ندارند و اغلب آنان در احكام و معارف اسلامي از فتاواي چهار امام معروف خود و احاديثي كه در كتاب‌هاي روايي خود مانند "صحاح ستة" و... جمع آوري شده، پيروي مي‌كنند.
از آن جا كه شيعيان براساس دلايل عقلي و نقلي معتبر مانند: حديث "ثقلين" و دلايل ديگر در احكام و معارف اسلامي پيرو مكتب اهل‌بيت: ]قرآن و عترت[ مي‌باشد; ولي اهل سنت از آنان پيروي نمي‌كنند; به همين جهت بين شيعه و اهل سنت در معارف اسلامي و احكام شرعيه مانند: وضو، نماز و... تفاوت‌هايي وجود دارد كه در اين باره (اختلاف معارف و احكام شرعي) كتاب‌هاي مستقلي نوشته شده كه كتاب "الخلاف" مرحوم شيخ طوسي; بحوث في الملل والنحل، آية الله جعفر سبحاني; الفقه المقارن للاحوال الشخصية بين المذاهب الاربعه السنية والمذهب الجعفري، بدران ابوالعينين بدران; و... از جمله آنها است.
2) اختلاف ديگر سني و شيعه در مورد صحابه رسول الله است. اهل سنت معتقدند همة صحابه عادل اند. ابن حجر مي گويد: "اهل سنت اجماع دارند بر اين كه همة صحابه عادل اند.
اما شيعه معتقد است در صحابه منافق نيز وجود داشته و آيه "افك" گواه بر اين مدعا است. از طرفي در منابع شيعه و سنی پيامبر اكرم(ص) ملاك جدايي مؤمن و منافق را محبت امام علي و بغض آن حضرت قرار داده اند.
از اين رو هر كس بغض علي(ع) را داشته باشد و با او بجنگد، منافق خواهد بود و در اين جهت فرقي بين صحابه و غير صحابه نيست.
شايان ياد آوري است كه امروزه برخي از اهل سنت، عدالت صحابه را قبول ندارند.
