بسیاری از علما و فضلا استخاره با قرآن را اصلا جایز نمی دانند به دلایل زیر :
1- این کار متخصص فن می خواهد که خیلی از کسانی که این کار را انجام می دهند به فن آن آشنایی ندارند .
2- علاوه بر شناخت فن آیات باید شخصیت استخاره شونده را هم لحاظ شود .
3- استخاره با قرآن در صورتی که نتیجه ندهد باعث دلزدگی نسبت به این کتاب آسمانی می شود .
توصیه آیات عظام استفاده از تسبیح برای استخاره است .