آب و هوای بستان آباد به دلیل قرار گرفتن در دامنه کوهستان سهند در زمستان سرد و پربرف و دوره یخبندانش طولانی و در تابستان معتدل و مطبوع است. هوای این شهرستان شش ماه از سال خشک و شش ماه دیگر مرطوب می‌باشد. رژیم بارندگی آن دارای دو حداکثر در ماههای اردیبهشت و خرداد که با یک حداقل در ماههای تیر و مرداد قطع می‌شود. بنابراین اختلاف فصل بارندگی در این شهرستان زیاد می‌باشد. با توجه به کلیماتوگرام این شهرستان ملاحظه می‌کنیم که ۲ ماه خیلی خشک در خرداد و تیر و ۲ ماه خشک در شهریور و مهر و ۲ ماه نیمه خشک در آذر و آبان و ۶ ماه مرطوب از آذر الی اردیبهشت دارد متوسط بارندگی سالانه آن ۳۰۰ میلیمتر و بخیر آن ۲۵۰ میلیمتر می‌باشد تبخیر حقیقی آن نسبت به بارندگی ۹۳ درصد می‌باشد. متوسط درجه حرارت آن ۸ درجه سانتی گراد می‌باشد. این شهر ۶ ماه یخبندان است که روزهای یخبندان در ماههای مختلف سال متفاوت است. درجه دمای این شهر گاهاً بسیار سرد می‌شود بطوریکه بنابه نقل یکی از شبهای زمستان ۱۳۴۲ درجه هوای شهر به ۳۸ درجه زیرصفر رسیده که از شدت سرما حیوانات وحشی به شهر پناه آورده‌اند.
