بناي اصلي مسجد جامع گرگان در محله نعل‌بندان اين شهر واقع شده است. با توجه به وجود مناره آجري دوره سلجوقي بناي اوليه مسجد نيز به همان دوره تعلق دارد و در دوره‌هاي بعدي به طور گسترده بازسازي ، تعمير و تزيين شده است. در حال حاضر به غير از مناره، اثر ديگري از بناي اوليه مسجد بر جاي مانده و بيش‌تر بازسازي‌ها در دوره تيموري، صفوي و دوره حاضر صورت گرفته است .
بناي مسجد با طرح مربع مستطيل وسعتي حدود 1600 متر مربع را در بر مي‌گيرد و شامل صحن وسيع مستطيل شكل، ايوانهاي خاوري و باختري، شبستان‌هاي چهار گوشه بنا ، ورودي‌هاي شمالي و جنوبي، مناره دوره سلجوقي و كتيبه‌ها و سنگ نوشته‌هاي تاريخي است. مناره آجري بنا با طرح استوانه‌اي تزيين آجركاري و كتيبه كوفي آجري دارد و قابل مقايسه با ديگر مناره‌هاي دوره سلجوقي است به نظر مي‌رسد كه بخش فوقاني منار ويران شده و به جاي آن يك مأذنه چوبي در دوره‌هاي بعد جايگزين شده است. از آثار نفيس و تاريخي مسجد مي‌توان به در و منبر چوبي منبت كاري شده و مزامين و سنگ نوشته‌هاي پادشاهان صفوي و افشاريه اشاره كرد. درب قديمي و منبت مسجد كتيبه‌ها و كنده كاري‌هاي زيبايي دارد كه براي نگه‌داري و حفاظت برداشته شده و به جاي آن در جديدي قرار داده شده است. منبر نفيس و تاريخي مسجد نيز داراي كتيبه‌هايي است كه براساس متن آن‌ها اين مسجد و منبر يك‌بار در سال 895 هـ.ق در زمان پادشاهي معين الدين ابوالقاسم بابر ـ حاكم هرات ـ توسط امير بابا حسن ـ فرماندار استرآباد و بار ديگر در سال 1081 هـ.ق در زمان شاه عباس اول توسط قطب الدين احمد بن ملا علي استرآبادي و سرانجام به سال 1157 هـ.ق در زمان نادر شاه اشار توسط حاجي قربان آقا ـ ناظر محمد حسين خان قاجار بيگلربيگي استرآباد ـ تعمير و بازسازي شده است . مزامين و وقف نامه‌هاي موجود در مسجد داراي تاريخ‌هايي از اوايل دوره صفوي تا اوايل دوره قاجاريه است و موضوعات مختلفي را شامل مي‌شود .
