گنبد کاووس از جمله شهرهای تاریخی ایران به حساب می‌آید. در محل فعلی گنبد کاووس در گذشته شهری به نام هیرکان و سپس گرگان (به نام قدیم جرجان) قرار داشته است. این شهر به دلیل اینکه در جاده ابریشم قرار داشته، از لحاظ تجاری بسیار مهم و با اهمیت بوده است. این منطقه در دوران مختلف تاریخ به عنوان پایتخت یا یکی از شهرهای مهم بوده و عالمان و دانشمندان بسیاری در آن زندگی می‌کردند.
مهمترین سلسله‌ای که در گنبد کاووس حکومت کردن، سلسله آل‌زیار بود که در این دوران به نام شهر گنبد قابوس مشهور بوده است. از این دوران برج آجری قابوس مانده که به احتمال زیاد، مدفن یکی از حاکمان آل‌زیار به نام قابوس‌بن وشمگیر است. شهر گنبد قابوس به دلیل زلزله نابود شود و در اثر حملات مغول و تیمور نیز چیزی از آن باقی نماد. امروزه بقایای شهر قدیمی گنبد قابوس در شرق گنبدکاووس فعلی کشف شد.
در زمان رضاشاه، در کنار بقایای گرگان باستان، شهری جدید با قواعد مدرن شهرسازی بنا شد و نام آن را گنبدقابوس گذاشت. البته این شهر بعدها به نام گنبدکاووس مشهور شد.
