مسجد يا نمازخانه گنجعليخان " در شمال شرقي ميدان و همجوار با مدرسه , قرار گرفته است , فضاي داخلي اين مسجد کوچک به ابعاد 25/5 × 5 متر و مساحت 5/27 متر مربع مي باشد.اين مسجد گنجينه هاي از تزئينات معماري اسلامي دوره صفوي , نظير گچبري , کاشيکاري , خطاطي , مقــرنس کاري , کاربندي , حجاري و نقاشيهاي زيبا مي باشد.کتيبه پاکار سقف به خط شهاب الدين کرمان , خطاط عصر صفوي است که سوره مبارکه جمعه را با يک رنگ ( خط و زمينه ) نگاشته است
