روش برخورد امیرالمومنین با مخالفان خود به دو گونه بود: حضرت ابتداً با کسانی که به مخالفت بر می خواستند تا زمانی که دست به شمشیر نبرده و در مقابل حکومت به مبارزه مسلحانه بر نخواسته بودند با ملاطفت و مهربانی برخورد می کرد و رافت و شفقت اسلامی را در مورد آنان به کار می بست تا شاید به راه راست هدایت شده دست از اعمال خلاف خود بردارند، اما زمانی که آنان قصد براندازی حکومت اسلامی را داشتند و به اقدام مسلحانه دست می زدند دیگر درنگ نکرده و با آنان به شدت برخورد می فرمود. ما در اینجا به تبیین مختصری از این دو گونه برخورد حضرت می پردازیم:
1)در تاریخ نقل شده است که پس از بیعت عموم مردم مدینه با آن حضرت، عمّار یاسر به خدمت او آمد و گفت: اى امیرالمؤمنین! همه اقشار گوناگون مدینه به خدمت شما آمدند و بیعت کردند. تنها برخى از افراد مشهور هنوز بیعت نکرده اند. اگر امیرالمؤمنین مصلحت بداند، ایشان را فراخوانده تا هماهنگ با مهاجر و انصار، بیعت کنند.
امیرالمؤمنین، على (علیه السلام) فرمود : اى عمّار! کسى که به ما رغبت ندارد، ما را نیز به او حاجتى نیست؛ (پس دیگر) دیدار او چه لزومی دارد؟
در این هنگام، مالک اَشتر نخعى گفت: اى امیرالمؤمنین! فراخواندن این افراد به مصلحت مى باشد، از آن جهت که وقتی آنان بیعت کنند، فردا کار ما با آنها به شمشیر و جنگ کشانده نمیشود. مردمان به منظور رعایت مصلحت کار خویش در پیروی از تو رغبت مى کنند، تو نیز مصلحت کار خویش را حفظ کن و همگان را بر خدمت و اطاعت خود تشویق کن.
امیرالمؤمنین (علیه السلام) فرمود: اى مالک! من مردمان را بهتر از تو مى شناسم. بگذار تا مطابق نظر خویشتن عمل کنند.
بدین ترتیب، امیرالمؤمنین (علیه السلام) مخالفین حکومت خود را مجبور به بیعت با خود ننمود.
و نیز در تاریخ آمده است که روزى جـمـعـى از خوارج وارد مسجد کوفه شدند تا با شعارهاى مداوم، سخنرانى امام على (علیه السلام) را بـر هم زنند. لذا اگر چه امیرالمؤمنین (علیه السلام) سرگرم سخنرانى بود، اما یکى از آنان بپا خاست و فریاد زد: لا حُکمِ إِلاّ لِلّه، و دیگرى از سوئى دیگر فریاد زد : لاحُکمِ إِلاّ لِلّه و سوّمى از گوشه دیگر مسجد همین شعار را تکرار نمود. سپس گروهى برخاستند و به پیروی از آنان این شعار را سر دادند.
حضرت بـا بـزرگـوارى خـاصـّى مـخـالفـت هـاى آنـان را تحمّل کرد. آنگاه خطاب به مردم فرمود: شعار حقّى است که (آنان) از آن باطل اراده مى کنند. سپس خطاب به خوارج در مسجد فرمود: تـا وقـتـى کـه دسـت بـه شـمـشـیـر نـبـردیـد و بـا مـا هـسـتـیـد، از سـه اصل اساسى برخوردارید:
از ورود شما به مسجد براى نماز جلوگیرى نمى کنیم.
تا وقتى که با ما هستید، از حقوق بیت المال شما را محروم نمى کنیم.
تا شما جنگ را آغاز نکنید، ما با شما نمى جنگیم.( تاریخ طبرى، جلد4، صفحه 53.)
لذا آنچه حکومت کوتاه علی (علیه السلام) را متمایز میسازد، ملایمت، بردباری و روش الهی آن حضرت در برخورد با مخالفان و منتقدین است؛ چه آنان که مخالفت خود را به صراحت ابراز نمیکنند و چه آنان که علنا بر طبل مخالفت کوبیده و با رفتار خود آنرا اظهار مینمودند. این برخورد رئوفانه و بزرگوارانه برخاسته از نگرش جهان شمول امام(علیه السلام) نسبت به مردم و حکمرانی است. نگرش ایشان به افراد تحت حکومت خود قبل از آنکه از زاویه موافق و مخالف باشد، نگرشی انسانی و برادرانه است. چنین نگرشی به خوبی در نامه آن حضرت به مالک اشتر (فرماندار امام در مصر) منعکس شده است؛ آنگاه که فرمود:
مهربانى با مردم را پوشش دل خویش قرارده و با همه دوست و مهربان باش. مبادا هرگز، چونان حیوانی شکارى باشى که خوردن آنان را غنیمت دانى؛ زیرا مردم دو دسته اند: دسته اى برادر دینى تو و دسته دیگر همانند تو در آفرینش مى باشند. اگر گناهى از آنان سر مى زند، یا مشکلی برایشان پیش می آید، یا خواسته و ناخواسته، اشتباهى مرتکب مى گردند، آنان را ببخشاى و بر آنان آسان گیر، آنگونه که دوست دارى خدا تو را ببخشاید و بر تو آسان گیرد. ( نهج البلاغه، نامه 53)
2) اما این برخورد همراه با رافت تا زمانی ادامه داشت که مخالفان دست به شمشیر نبرده و با حکومت اسلامی وارد جنگ نشوند همانطور که از سخنان امیرالمومنین علی علیه السلام که ذکر شد این مطلب به دست می آمد.
البته جالب اینجاست که امام در مقابل این افراد نیز ابتدا به پند و اندرز روی می آورد تا بلکه این فریب خوردگان راه خود را عوض کرده و به صراط مستقیم برگردند. مثلا در جنگ نهروان و در مقابل خوارج امام ابتدا اندرز و ارشاد و اتمام حجت روي آورد , ولي آنان با هلهله و رجز خواني پاسخ دادند. امام حرث بن مره عبدي را جهت مذاكره نزد آنان فرستاد. خوارج نماينده حضرت را از پاي درآوردند.( مسعودي، مروج الذهب , ج 2 , ص 400 ؛ ابوالعباس مبرد : الكامل في اللغه و الادب , ج 2 , ص 134)
امام در اثناء جنگ نیز در صدد برگرداندن آنان بود لذا پرچمي به ابوايوب انصاري داد و فرياد برآورد , هر كه زير اين پرچم پناه آورد در امان است , اگر كسي را نكشته و به هيچ يك از مسلمانان تعرض نكرده باشد , و نيز هر كس به كوفه يا مدائن روي آورد , در امان است و جانش محفوظ خواهد ماند.
با اين اقدام حضرت , حدود 800 نفر از خوارج جدا شدند و به كوفه و مدائن بازگشتند. چهره برجسته اين گروه « عروه بن نوفل اشجعي » بود كه با 500 سوار به كوفه بازگشت. (بلعمي ، تاريخ نامه طبري , ج 2 , ص 659)
اما امام بعد از اینکه دید باقی خوارج قصد اصلاح شدن را ندارند دستور داد لشکریانش خوارج را در محاصره قرار دهند و از راست و چپ بر آنان حمله كنند و همه را به هلاکت برسانند.( طبري : تاريخ الطبري : ج 5 , ص 86)از این موارد زیاد است که به جهت اختصار به همین موارد اکتفا میکنیم.
پس روش برخورد امام با مخالفان تا زمانی با مدارا بوده که آنان دست به مبارزه مسلحانه بر علیه نظام اسلامی را نزده باشند و درمقابل حکومت اسلامی نایستاده باشند.